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syn1985

木虫 (正式写手)

[求助] 要表达的蛋白 基因序列扩出两个长度的正确片段 给跪了 求问各位大神 已有2人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的,前一段时间做了个基因,用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B,就全部连接到T载体上送去测序,本想着有一个肯定是错配,结果测序结果发现A和B都是目的片段,引物都可以比对上,只是A比B少剪切了一段序列,长度在200bp(在5‘端),我将这两段序列用软件翻译了一下,编码框不一样:A是+3 B是+1,两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样,其他都一样,用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列,这两段不太一样的序列有说明了什么
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还重名啊

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syn1985: 金币+1, 谢谢 2014-10-04 15:17:14
西门吹雪170: 金币+2, 鼓励回帖交流 2014-10-04 22:01:41
我做植物基因克隆也碰过类似情况,可能原因是 一个基因簇或者基因家族里的两个基因在DNA序列上串联排列,并且高度同源,所以你用一对引物,有概率把两个都克隆出来了,这种情况就是一个基因家族的两个成员。要么就是生物中基因复制现象,就是一个基因在基因组中发生复制扩张,那么两个就是一个基因。还有情况就是错配了。 你可以提高温度看看结果如何,然后把其他真菌中克隆的类似基因与之对比,看看通过保守结构域分析 能不能区别两者差异
2楼2014-10-04 15:10:19
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 还重名啊 at 2014-10-04 15:10:19
我做植物基因克隆也碰过类似情况,可能原因是 一个基因簇或者基因家族里的两个基因在DNA序列上串联排列,并且高度同源,所以你用一对引物,有概率把两个都克隆出来了,这种情况就是一个基因家族的两个成员。要么就是 ...

我是直接从mRNA中扩出来的 这序列肯定是一段基因 只是他们在剪切内含子的时候出现了分歧 这个应该不会是你说的两个基因以及什么基因复制问题
3楼2014-10-04 15:14:35
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
syn1985(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-04 22:02:07
如果两个片段都是+1开始的阅读框,那就可能是一个基因的两种剪接方式,要研究基因功能的话一般都是两个同时克隆。现在有一个片段从+3开始,那有可能是提RNA时有基因组DNA污染,PCR得到的片段有一个带内含子。你做的物种测序了没?可以拿基因组做个比对。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
4楼2014-10-04 15:49:56
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 15:49:56
如果两个片段都是+1开始的阅读框,那就可能是一个基因的两种剪接方式,要研究基因功能的话一般都是两个同时克隆。现在有一个片段从+3开始,那有可能是提RNA时有基因组DNA污染,PCR得到的片段有一个带内含子。你做的 ...

我用基因组作比较了,基因组序列比这两段序列都长很多,所以得到的长片段不会是基因组污染
5楼2014-10-04 16:29:33
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 15:49:56
如果两个片段都是+1开始的阅读框,那就可能是一个基因的两种剪接方式,要研究基因功能的话一般都是两个同时克隆。现在有一个片段从+3开始,那有可能是提RNA时有基因组DNA污染,PCR得到的片段有一个带内含子。你做的 ...

CDS不可以从+3开始编码蛋白吗
6楼2014-10-04 16:35:53
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
syn1985(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-10-04 22:02:31
syn1985: 金币+1, 有帮助 2014-10-04 22:25:25
CDS是从起始密码子到终止密码子这段序列,其中不会包含多余的东西。不过mRNA会包含3`或5`-UTR,也有可能是引物不好,PCR时扩增了一部分非编码序列。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
7楼2014-10-04 18:41:34
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:41:34
CDS是从起始密码子到终止密码子这段序列,其中不会包含多余的东西。不过mRNA会包含3`或5`-UTR,也有可能是引物不好,PCR时扩增了一部分非编码序列。

引物设计的没有问题 那两个基因在前40bp是完全相同的 所以我觉得应该是有一个内含子没有被剪切掉 这个我也查了一些文献 我就是不知道这个两个序列哪个有活性 或者我只能把两个序列都表达了
8楼2014-10-04 22:24:53
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syn1985

木虫 (正式写手)

引用回帖:
7楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 18:41:34
CDS是从起始密码子到终止密码子这段序列,其中不会包含多余的东西。不过mRNA会包含3`或5`-UTR,也有可能是引物不好,PCR时扩增了一部分非编码序列。

还有 CDS可能编码好几个蛋白 不一定里面只有一个 里面有很多种剪切机制的
9楼2014-10-04 22:26:15
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syn1985

木虫 (正式写手)

怎么没人回复了
10楼2014-10-06 11:21:25
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