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syn1985

木虫 (正式写手)

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[求助] 要表达的蛋白基因序列扩出两个长度的正确片段给跪了求问各位大神已有2人参与

小虫是做丝状真菌基因表达的，前一段时间做了个基因，用一对引物从mRNA中扩增出来了两个片段A和B，就全部连接到T载体上送去测序，本想着有一个肯定是错配，结果测序结果发现A和B都是目的片段，引物都可以比对上，只是A比B少剪切了一段序列，长度在200bp（在5‘端），我将这两段序列用软件翻译了一下，编码框不一样：A是+3 B是+1，两个编码的蛋白只在N端有20个AA不一样，其他都一样，用NCBI找了保守区也是相同的。
我现在不知道应该尝试表达哪一段序列，这两段不太一样的序列有说明了什么

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1楼 2014-10-04 14:36:14

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syn1985

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 还重名啊 at 2014-10-04 15:10:19
我做植物基因克隆也碰过类似情况，可能原因是一个基因簇或者基因家族里的两个基因在DNA序列上串联排列，并且高度同源，所以你用一对引物，有概率把两个都克隆出来了，这种情况就是一个基因家族的两个成员。要么就是 ...

我是直接从mRNA中扩出来的这序列肯定是一段基因只是他们在剪切内含子的时候出现了分歧这个应该不会是你说的两个基因以及什么基因复制问题

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3楼2014-10-04 15:14:35

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syn1985

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4楼: Originally posted by liuderong at 2014-10-04 15:49:56
如果两个片段都是+1开始的阅读框，那就可能是一个基因的两种剪接方式，要研究基因功能的话一般都是两个同时克隆。现在有一个片段从+3开始，那有可能是提RNA时有基因组DNA污染，PCR得到的片段有一个带内含子。你做的 ...

我用基因组作比较了，基因组序列比这两段序列都长很多，所以得到的长片段不会是基因组污染

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5楼2014-10-04 16:29:33

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