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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 计算扩散系数 已有2人参与

初学模拟,急需各位大侠的帮助!
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数,但是遇到了几个问题,想向各位请教一下
模拟过程如下:1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
(1)做完第5步NVT动力学,分析得到MSD-t曲线,从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学,分析得到的扩散系数有时相差很大,这是什么原因那?
(2)有人说是扩散系数对初始结构很敏感,但重新建模之后进行上述1-5步模拟,发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况,怎样取扩散系数的值那?
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
7楼: Originally posted by lsloneil at 2014-10-02 09:18:23
前面300 ps的平衡是不需要重新进行了,但是假如要像我前面帖子里说的那样从不同的初始条件下跑MD,你得把300 ps的构型拿来跑1 ps, 2 ps, 3 ps ...这样才能获得不同的初始构型。

选择跑多少纳秒来算MSD是很经验性 ...

您好!我最近对之前的结构又进行了1.5ns的NVT动力学,发现:2次重复得到的扩散系数值变化不大了,所以非常感谢您的建议!
我现在还想请教您的一个问题是:通过模拟得到的扩散系数值与实验得到的扩散系数值相差20-40倍,有些大。针对这个问题,我在小木虫上请教过,有的说是立场参数选取的不合适,但是我用的MS软件好像不能修改立场参数。
如果以现在这样的结果,会不会成为文章的致命伤呐?投稿的话,是不是就投不了好期刊了?
9楼2014-11-11 15:33:17
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smutao

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

2楼2014-10-01 07:14:49
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
本帖内容被屏蔽

3楼2014-10-01 07:22:17
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-10-01 07:22:17
请见此处
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1

希望对你有用

之前看过的,立场参数的话,MS软件无法修改,至于动力学时间,我是用了300psNVT来平衡体系,再进行600psNVT收集数据,从输出的能量图来看,已经达到平衡,这样应该就可以排除动力学时间太短的问题了吧?
4楼2014-10-01 09:21:14
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