| 查看: 6963 | 回复: 30 | ||||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | ||||
敏sunflower金虫 (小有名气)
|
[求助]
计算扩散系数 已有2人参与
|
|||
|
初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 扩散系数 |
» 猜你喜欢
265求调剂
已经有8人回复
-
311求调剂
已经有4人回复
-
一志愿厦门大学化学学硕307求调剂
已经有13人回复
-
一志愿211，335分，0856，求调剂院校和导师
已经有15人回复
-
275学硕081000服从调剂到其他专业，保不住本专业了
已经有4人回复
-
274求调剂
已经有8人回复
-
367求调剂
已经有8人回复
-
一志愿9初试366 本双非求调剂
已经有3人回复
-
314求调剂
已经有9人回复
-
298求调剂
已经有3人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 计算电极表面的扩散系数
已经有3人回复
- 目前常用的求取液相扩散系数的方法
已经有3人回复
- 扩散系数的计算及体系平衡的判断
已经有4人回复
- 谁给解释一下扩散系数的单位问题？？
已经有5人回复
- 求教分子轨道系数的计算
已经有3人回复
- Rosseland扩散系数怎么求解？？？
已经有4人回复
- 饱和盐水在水中的扩散系数
已经有6人回复
- 扩散系数模拟的结果比资料上的小一个数量级
已经有16人回复
- 锂离子扩散系数计算时有效面积是什么
已经有16人回复
- 用均方位移求扩散系数的疑问？
已经有9人回复
- 求助：请高手帮忙解释一下自扩散系数，互扩散系数之间的关系，送金币！
已经有3人回复
- 固体纯二元系扩散系数怎么求？
已经有5人回复
- 【求助】锂电中求锂离子扩散系数的公式解析
已经有10人回复
- 【求助】分子动力学模拟求扩散系数，最后一步不明白，请求给位大侠。
已经有21人回复
- 【求助】恳求采用交流阻抗扩散系数的公式解析
已经有10人回复
- 【求助】关于锂离子扩散系数的问题
已经有24人回复
- 【讨论】如何利用原子的运动轨迹计算扩散系数？
已经有15人回复
- 【求助】如何查找气体在空气中的分子扩散系数
已经有11人回复
敏sunflower
金虫 (小有名气)
- 应助: 0 (幼儿园)
- 金币: 1144.8
- 散金: 17
- 红花: 2
- 帖子: 179
- 在线: 116.2小时
- 虫号: 2088951
- 注册: 2012-10-27
- 性别: MM
- 专业: 化学反应工程
4楼2014-10-01 09:21:14
感谢参与，应助指数 +1
|
本帖内容被屏蔽 |
2楼2014-10-01 07:14:49
★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
|
本帖内容被屏蔽 |
3楼2014-10-01 07:22:17
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
-
专家经验: +49 - 模拟EPI: 2
- 应助: 148 (高中生)
- 金币: 8640.9
- 散金: 507
- 红花: 30
- 帖子: 505
- 在线: 598.4小时
- 虫号: 556471
- 注册: 2008-05-11
- 性别: GG
- 专业: 理论和计算化学
- 管辖: 分子模拟
【答案】应助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-01 17:13:51
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-01 17:13:51
|
聚合物中如果有孔洞的话，严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况，这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话，采集到的MSD只是粒子在某个区域里的MSD，拟合得到的扩散系数自然会相差很大。即便你从相同的初始条件出发，由于MD算法自身的误差以及NVT动力学的一些特点（这个有些复杂，这里不讲），也不可能得到两条相同的轨迹或是MSD。 一般对于粒子在这种受限条件下的扩散，采样时间都在纳秒级别以保证充分采样。虽然你用300ps就可以达到平衡，但采样同样是要花很长时间的。如果你不想跑长的simulation，可以考虑以不同的初始条件跑几个600ps的simulation，然后把求到的几条MSD取平均。 |
5楼2014-10-01 13:25:26
