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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 计算扩散系数
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 计算扩散系数 已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？
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1楼 2014-09-30 16:53:10
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敏sunflower

金虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-10-01 07:22:17
请见此处
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1

希望对你有用

之前看过的，立场参数的话，MS软件无法修改，至于动力学时间，我是用了300psNVT来平衡体系，再进行600psNVT收集数据，从输出的能量图来看，已经达到平衡，这样应该就可以排除动力学时间太短的问题了吧？
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4楼2014-10-01 09:21:14
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smutao

禁虫 (著名写手)
感谢参与，应助指数 +1
本帖内容被屏蔽
2楼2014-10-01 07:14:49
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smutao

禁虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
本帖内容被屏蔽
3楼2014-10-01 07:22:17
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lsloneil

专家顾问 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-01 17:13:51
引用回帖:
4楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-09-30 13:21:14
之前看过的，立场参数的话，MS软件无法修改，至于动力学时间，我是用了300psNVT来平衡体系，再进行600psNVT收集数据，从输出的能量图来看，已经达到平衡，这样应该就可以排除动力学时间太短的问题了吧？...

聚合物中如果有孔洞的话，严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况，这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话，采集到的MSD只是粒子在某个区域里的MSD，拟合得到的扩散系数自然会相差很大。即便你从相同的初始条件出发，由于MD算法自身的误差以及NVT动力学的一些特点（这个有些复杂，这里不讲），也不可能得到两条相同的轨迹或是MSD。

一般对于粒子在这种受限条件下的扩散，采样时间都在纳秒级别以保证充分采样。虽然你用300ps就可以达到平衡，但采样同样是要花很长时间的。如果你不想跑长的simulation，可以考虑以不同的初始条件跑几个600ps的simulation，然后把求到的几条MSD取平均。
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5楼2014-10-01 13:25:26
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