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敏sunflower金虫 (小有名气)
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计算扩散系数 已有2人参与
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初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
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 扩散系数 |
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敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
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3楼2014-10-01 07:22:17
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-10-01 07:14:49
敏sunflower
金虫 (小有名气)
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4楼2014-10-01 09:21:14
lsloneil
专家顾问 (正式写手)
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【答案】应助回帖
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感谢参与，应助指数 +1
敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-01 17:13:51
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敏sunflower: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-10-01 17:13:51
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聚合物中如果有孔洞的话，严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况，这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话，采集到的MSD只是粒子在某个区域里的MSD，拟合得到的扩散系数自然会相差很大。即便你从相同的初始条件出发，由于MD算法自身的误差以及NVT动力学的一些特点（这个有些复杂，这里不讲），也不可能得到两条相同的轨迹或是MSD。 一般对于粒子在这种受限条件下的扩散，采样时间都在纳秒级别以保证充分采样。虽然你用300ps就可以达到平衡，但采样同样是要花很长时间的。如果你不想跑长的simulation，可以考虑以不同的初始条件跑几个600ps的simulation，然后把求到的几条MSD取平均。 |
5楼2014-10-01 13:25:26
