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敏sunflower金虫 (小有名气)
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计算扩散系数 已有2人参与
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初学模拟，急需各位大侠的帮助！ 我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下 模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析 （1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？ （2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大 面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？   |
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 扩散系数 |
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lsloneil
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前面300 ps的平衡是不需要重新进行了，但是假如要像我前面帖子里说的那样从不同的初始条件下跑MD，你得把300 ps的构型拿来跑1 ps, 2 ps, 3 ps ...这样才能获得不同的初始构型。 选择跑多少纳秒来算MSD是很经验性的问题，具体情况取决于你的体系，这个我很难说。我个人的经验是对于几千个原子的体系可能需要时长达1 ns的MSD来计算扩散系数，这样的话你的MD至少要跑2 ns。 |
敏sunflower7楼2014-10-02 09:18:23
感谢参与，应助指数 +1
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2楼2014-10-01 07:14:49
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敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
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3楼2014-10-01 07:22:17
敏sunflower
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4楼2014-10-01 09:21:14
