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敏sunflower

金虫 (小有名气)

[求助] 计算扩散系数 已有2人参与

初学模拟,急需各位大侠的帮助!
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数,但是遇到了几个问题,想向各位请教一下
模拟过程如下:1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
(1)做完第5步NVT动力学,分析得到MSD-t曲线,从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学,分析得到的扩散系数有时相差很大,这是什么原因那?
(2)有人说是扩散系数对初始结构很敏感,但重新建模之后进行上述1-5步模拟,发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况,怎样取扩散系数的值那?
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扩散系数

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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by lsloneil at 2014-10-01 13:25:26
聚合物中如果有孔洞的话,严格意义上来讲粒子在孔洞中的扩散是受限的。所以会出现粒子长时间只在某个区域的孔洞中运动的情况,这样的话如果你从不同的初始条件开始而采样时间不够长的话,采集到的MSD只是粒子在某个 ...

非常感谢您的回复!如果我想要进行ns级的动力学的话,前面的300ps应该就不用再重新进行了吧?
还有就是从我现在的结果来看,进行600ps就达到能量平衡了,在选择进行多少ns的时候怎么判断时间是否合适那?或者通常是选取多少ns那?
6楼2014-10-01 17:15:57
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smutao

禁虫 (著名写手)

感谢参与,应助指数 +1
本帖内容被屏蔽

2楼2014-10-01 07:14:49
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smutao

禁虫 (著名写手)

★ ★ ★ ★ ★
敏sunflower: 金币+5 2014-10-01 09:18:18
本帖内容被屏蔽

3楼2014-10-01 07:22:17
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敏sunflower

金虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by smutao at 2014-10-01 07:22:17
请见此处
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890&fpage=1

希望对你有用

之前看过的,立场参数的话,MS软件无法修改,至于动力学时间,我是用了300psNVT来平衡体系,再进行600psNVT收集数据,从输出的能量图来看,已经达到平衡,这样应该就可以排除动力学时间太短的问题了吧?
4楼2014-10-01 09:21:14
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