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敏sunflower

金虫 (小有名气)

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[求助] 计算扩散系数已有2人参与

初学模拟，急需各位大侠的帮助！
我最近在模拟A、B两分子在聚合物中的扩散系数，但是遇到了几个问题，想向各位请教一下
模拟过程如下：1.建Cell——2.能量最小化——3.NPT——4.NVT平衡结构——5.NVT用于数据分析
（1）做完第5步NVT动力学，分析得到MSD-t曲线，从而得到扩散系数。但是发现对第4步结束时的最后一帧结构平行做两次NVT动力学，分析得到的扩散系数有时相差很大，这是什么原因那？
（2）有人说是扩散系数对初始结构很敏感，但重新建模之后进行上述1-5步模拟，发现得到的扩散系数也相差很大
面对上述情况，怎样取扩散系数的值那？

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扩散系数

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1楼 2014-09-30 16:53:10

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lsloneil

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引用回帖:

9楼: Originally posted by 敏sunflower at 2014-11-10 19:33:17
您好！我最近对之前的结构又进行了1.5ns的NVT动力学，发现：2次重复得到的扩散系数值变化不大了，所以非常感谢您的建议！
我现在还想请教您的一个问题是：通过模拟得到的扩散系数值与实验得到的扩散系数值相差20- ...

"模拟得到的扩散系数值与实验得到的扩散系数值相差20-40倍"，如果是纯计算的文章这个铁定无法投好的期刊。如果是实验和计算结合的文章还要另外看你实验那一部分。

但这并不是致命伤，很多力场算出来的扩散性质都不太好，跟实验差距都比较大。如果计算结果和实验在同一个数量级，一般不需要作太多解释。如果计算结果和实验相差一个数量级以上，建议你在文章中分析一下为什么会差这么多，比如说

1. 力场的问题。这个力场是否之前对于其他体系也很不准？
2. 体系的setup。很多时候建模的体系很难说是真实体系的反映，要么偏小，要么过于简单。

以上两点仅供参考。如果模拟结果在定性描述某个趋势上和实验是吻合的，那么投一个一般的期刊问题还是不大的。