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杀神暗狼

木虫 (著名写手)

红狼

[求助] 求助一个晶体的拓扑分析 已有1人参与

求助一个晶体的拓扑分析，哪个老师能用topos4.0帮我解一下晶体的拓扑求助一个晶体的拓扑分析
1122.jpg
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岁月静好，现世安稳
1楼 2014-09-29 21:11:46
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2楼2014-10-03 11:29:47
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calebby

捐助贵宾 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ...
杀神暗狼: 金币+200, ★★★★★最佳答案, 太感谢了，你的分析应该是没问题的；有问题再请教你哈；有劳了 2014-10-05 17:14:57
不好意思，开始我没看清结构，拓扑已经分析好了，这是一个两重贯穿的结构，拓扑符号为tfa，详细如下：

###
1:1
###

Topology for Zn1
--------------------
Atom Zn1 links by bridge ligands and has
Common vertex with                                R(A-A)
Rh 1    0.9826    1.0391    0.8173   ( 0 1 0)     5.451A        1
Rh 2    0.3742    1.4011    0.5566   ( 0 1 0)     5.539A        1
Rh 2    0.3742    0.4011    0.5566   ( 0 0 0)     5.617A        1
Rh 1   -0.0174    1.0391    0.8173   (-1 1 0)     5.622A        1
Topology for Rh1
--------------------
Atom Rh1 links by bridge ligands and has
Common vertex with                                R(A-A)
Zn 1    0.4469   -0.0440    0.6803   ( 0-1 0)     5.451A        1
Zn 1    1.4469   -0.0440    0.6803   ( 1-1 0)     5.622A        1
Rh 2    1.3742    0.4011    1.5566   ( 1 0 1)    12.771A        1
Topology for Rh2
--------------------
Atom Rh2 links by bridge ligands and has
Common vertex with                                R(A-A)
Zn 1    0.4469   -0.0440    0.6803   ( 0-1 0)     5.539A        1
Zn 1    0.4469    0.9560    0.6803   ( 0 0 0)     5.617A        1
Rh 1   -0.0174    0.0391   -0.1827   (-1 0-1)    12.771A        1
-------------------------
Structural group analysis
-------------------------

-------------------------
Structural group No 1
-------------------------
Structure consists of 3D framework with Rh2Zn
There are 2 interpenetrating nets
FISE: Full interpenetration symmetry elements
---------------------------------------------
1: -1
---------------------------------------------
PIC: [1,0,0][0,1,0][0,0,1] (PICVR=1)

Zt=1; Zn=2

Class IIa  Z=2

Coordination sequences
----------------------
Zn1:  1  2  3  4   5   6   7   8   9  10
Num   4  8 20 32  48  70  96 120 156 192
Cum   5 13 33 65 113 183 279 399 555 747
----------------------
Rh1:  1  2  3  4   5   6   7   8   9  10
Num   3  8 18 32  49  70  93 124 154 190
Cum   4 12 30 62 111 181 274 398 552 742
----------------------
Rh2:  1  2  3  4   5   6   7   8   9  10
Num   3  8 18 32  49  70  93 124 154 190
Cum   4 12 30 62 111 181 274 398 552 742
----------------------
TD10=743

Vertex symbols for selected sublattice
--------------------------------------
Zn1 Point symbol:{8^6}
Extended point symbol:[8(2).8(2).8(3).8(3).8(3).8(3)]
--------------------------------------
Rh1 Point symbol:{8^3}
Extended point symbol:[8(4).8(4).8(4)]
--------------------------------------
Rh2 Point symbol:{8^3}
Extended point symbol:[8(4).8(4).8(4)]
--------------------------------------
Point symbol for net: {8^3}2{8^6}
3,4-c net with stoichiometry (3-c)2(4-c); 2-nodal net

Topological type: tfa (topos&RCSR.ttd) {8^3}2{8^6} - VS [8(4).8(4).8(4)] [8(2).8(2).8(3).8(3).8(3).8(3)] (78929 types in 11 databases)
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4楼2014-10-03 14:02:25
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calebby

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【答案】应助回帖

按照你所画的，这是一个(3,4)-net,但你的结构应该是一个(4,4)-net,不知道你是怎么简化的？不同的简化方式最后得到的拓扑结果是不一样的。
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3楼2014-10-03 13:47:41
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我想更懂你29

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4楼: Originally posted by calebby at 2014-10-03 14:02:25
不好意思，开始我没看清结构，拓扑已经分析好了，这是一个两重贯穿的结构，拓扑符号为tfa，详细如下：

###
1:1
###

Topology for Zn1
--------------------
Atom Zn1 links by bridge ligands and has
C ...

想问一下，Rh 1  和Rh  2代表什么呢
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5楼2014-10-03 14:55:35
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calebby

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5楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-10-03 14:55:35
想问一下，Rh 1  和Rh  2代表什么呢...

Rh1和Rh2是在简化拓扑的时候添加的两个原子，类似于diamond里面的dummy原子，在这个结构里面Rh1和Rh2是等同的节点。
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6楼2014-10-03 17:24:21
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我想更懂你29

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6楼: Originally posted by calebby at 2014-10-03 17:24:21
Rh1和Rh2是在简化拓扑的时候添加的两个原子，类似于diamond里面的dummy原子，在这个结构里面Rh1和Rh2是等同的节点。...

是不是配体简化成了相连的Rh1和Rh2原子？
然后   Class IIa  Z=2   这个是啥意思
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7楼2014-10-03 17:38:03
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calebby

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7楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-10-03 17:38:03
是不是配体简化成了相连的Rh1和Rh2原子？
然后   Class IIa  Z=2   这个是啥意思...

对，配体简化成了Rh1和Rh2，整个文本是TOPOS输出的文件，很多意思我也不太清楚，但我们一般只关注拓扑符号以及point symbol for net。
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jieran927
8楼2014-10-03 18:49:10
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8楼: Originally posted by calebby at 2014-10-03 18:49:10
对，配体简化成了Rh1和Rh2，整个文本是TOPOS输出的文件，很多意思我也不太清楚，但我们一般只关注拓扑符号以及point symbol for net。...

多谢指点，辛苦了，祝好
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9楼2014-10-03 18:58:16
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杀神暗狼

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2楼: Originally posted by 我想更懂你29 at 2014-10-03 11:29:47
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10楼2014-10-05 17:15:33
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