应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » CIF专栏 » 求助一个晶体的拓扑结构及拓扑分析
91/1返回列表
查看: 3432  |  回复: 8
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

烟波钓徒de

木虫 (正式写手)

[求助] 求助一个晶体的拓扑结构及拓扑分析 已有2人参与

本人现有一个晶体结构，由于是3D结构想分析其拓扑结构，自己对于拓扑不是很懂，之前摸索了一下TOPOS4，OLEX，DIAMOND，都不得其要领，因而在此求助各位topos高手分析一下，cIf文件已上传，不甚感激！
回复此楼

» 本帖附件资源列表

  • 欢迎监督和反馈：小木虫仅提供交流平台，不对该内容负责。
    本内容由用户自主发布，如果其内容涉及到知识产权问题，其责任在于用户本人，如对版权有异议，请联系邮箱：xiaomuchong@tal.com
  • 附件 1 : 1.cif
    • 2014-03-14 12:30:12, 31.91 K

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2014-03-14 12:30:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
烟波钓徒de: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-14 21:55:08
你可以用mercury，简单易学，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生长方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式，还有从配位模式上来分析，是几配位几面体，是否有H键作用，是否有π堆积，基本就是这几个方面了
赞一下 回复此楼
2楼2014-03-14 15:20:30
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-14 15:20:30
你可以用mercury，简单易学，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生长方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式，还有从配位模式上来分析，是几配位几面体，是否有H键作用 ...

感谢您的回复，我之前用mercury看过了，金属离子是八配位的，和六个配体配位，1个配体是和6个金属配位，生成的一维链通过配体连接成3D结构，至于堆积方面，由于溶剂分子全部被删除，所以看不出H键，我用olex处理后不知道如何进行节点选择，所以很头疼，能否帮忙看一下，万分感谢！
赞一下 回复此楼
3楼2014-03-14 21:52:40
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 烟波钓徒de at 2014-03-14 21:52:40
感谢您的回复，我之前用mercury看过了，金属离子是八配位的，和六个配体配位，1个配体是和6个金属配位，生成的一维链通过配体连接成3D结构，至于堆积方面，由于溶剂分子全部被删除，所以看不出H键，我用olex处理后 ...

你用platon检测看有无氢键，溶剂分子需保留，有的话在diamond中绘制，我可以代劳

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下 回复此楼
4楼2014-03-15 00:34:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-15 00:34:03
你用platon检测看有无氢键，溶剂分子需保留，有的话在diamond中绘制，我可以代劳
...

这个晶体不是我自己解的，是别人帮我弄出来的，当时帮忙解的人说溶剂分子不确定，所以解出来后溶剂分子未保留，发给我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就没有看见，要不我把原始的晶体数据发给您看看，我这个就是毕业论文里面需要说明一下拓扑结构和拓扑分析，如果弄好了有重谢。
赞一下 回复此楼
5楼2014-03-15 11:40:29
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

情化钾

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 烟波钓徒de at 2014-03-15 11:40:29
这个晶体不是我自己解的，是别人帮我弄出来的，当时帮忙解的人说溶剂分子不确定，所以解出来后溶剂分子未保留，发给我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就没有看见，要不我把原始的晶体数据发给您看看，我这个就 ...

解晶体我也不擅长，实在是爱莫能助。H键什么的就先不写了吧
赞一下 回复此楼
6楼2014-03-15 15:31:17
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-15 15:31:17
解晶体我也不擅长，实在是爱莫能助。H键什么的就先不写了吧...

嗯那好，没有问题只要能够把拓扑结构弄出来就行，其余的都没有多大关系的
赞一下 回复此楼
7楼2014-03-18 09:45:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lwyzky
8楼2014-03-18 10:01:35
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

crystal701

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

{4^11.6^4}
Topological type: 6/4/t7; sqc885
赞一下 回复此楼
9楼2014-06-02 00:41:13
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 烟波钓徒de 的主题更新
91/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[基金申请] 欢迎发来filecode的Mz6后的代码验证其规律 +31 医学老男孩 2026-08-13 69/3450 2026-08-16 00:16 by mo_mo_mo_mo
[基金申请] 小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊 +12 Tide man 2026-08-10 13/650 2026-08-15 16:34 by 氺木
[基金申请] 哪位老哥知道今年的国自然具体哪一天放榜？ +7 Ldrop2023 2026-08-13 7/350 2026-08-15 15:57 by mzhh2000
[基金申请] 关于Filecode分析方法 +10 majunge000 2026-08-10 13/650 2026-08-15 12:26 by hanpeng972
[基金申请] 各位道友，我要去昆明玩几天，回来见。 +7 Tide man 2026-08-14 8/400 2026-08-15 01:11 by arzu_hma
[基金申请] 奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样 +8 布布和一二 2026-08-10 11/550 2026-08-14 14:58 by Equinoxhua
[硕博家园] 请教兼职经验 +3 是阿文鸭 2026-08-09 3/150 2026-08-14 12:07 by HER12025
[硕博家园] 读博的好处 +4 lnee 2026-08-11 4/200 2026-08-14 10:20 by ahsoarli
[基金申请] filecode +15 documentary 2026-08-10 17/850 2026-08-14 10:08 by kissu88
[基金申请] FileCode能看出啥？ +10 要乐观耀哥 2026-08-10 32/1600 2026-08-14 09:37 by 要乐观耀哥
[基金申请] 我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人 +10 家与远方 2026-08-10 15/750 2026-08-14 02:08 by 绵羊哥哥
[基金申请] 静等基金结果 +8 gjjjzhong 2026-08-10 21/1050 2026-08-13 17:56 by 且听虎啸
[基金申请] 不应该看fileCode +7 且听虎啸 2026-08-12 9/450 2026-08-13 14:27 by flydreamws
[基金申请] 结合人工智能，周易传统文化，filecode打分制来了，3分以上希望很大。 +3 Tide man 2026-08-12 4/200 2026-08-13 08:35 by ZJTJZ
[基金申请] 帮忙看看fileCode +7 wwncly 2026-08-10 13/650 2026-08-11 19:36 by 冰心玉壶晴
[基金申请] 为什么网上很多人说本周 12号出结果 +6 瞬息宇宙 2026-08-10 7/350 2026-08-11 19:25 by Tide man
[基金申请] 什么时候出结果，有咨询渠道？？？ +3 Tide man 2026-08-11 3/150 2026-08-11 17:54 by kudofaye
[基金申请] 确定了，国自然21号放榜 +6 布布和一二 2026-08-10 7/350 2026-08-10 19:15 by 2000zf36392
[基金申请] 国自然结果 +4 Vierhys 2026-08-10 8/400 2026-08-10 15:06 by Vierhys
[基金申请] 面上项目filecode邪修 +5 西山十月 2026-08-09 7/350 2026-08-10 07:32 by 仁砚薪传
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭