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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)

[求助] 求助一个晶体的拓扑结构及拓扑分析 已有2人参与

本人现有一个晶体结构，由于是3D结构想分析其拓扑结构，自己对于拓扑不是很懂，之前摸索了一下TOPOS4，OLEX，DIAMOND，都不得其要领，因而在此求助各位topos高手分析一下，cIf文件已上传，不甚感激！
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    • 2014-03-14 12:30:12, 31.91 K

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1楼 2014-03-14 12:30:15
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情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
烟波钓徒de: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-14 21:55:08
你可以用mercury，简单易学，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生长方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式，还有从配位模式上来分析，是几配位几面体，是否有H键作用，是否有π堆积，基本就是这几个方面了
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2楼2014-03-14 15:20:30
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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-14 15:20:30
你可以用mercury，简单易学，比diamond好用的多，可以使用short contact命令看生长方式，或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式，还有从配位模式上来分析，是几配位几面体，是否有H键作用 ...

感谢您的回复，我之前用mercury看过了，金属离子是八配位的，和六个配体配位，1个配体是和6个金属配位，生成的一维链通过配体连接成3D结构，至于堆积方面，由于溶剂分子全部被删除，所以看不出H键，我用olex处理后不知道如何进行节点选择，所以很头疼，能否帮忙看一下，万分感谢！
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3楼2014-03-14 21:52:40
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情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 烟波钓徒de at 2014-03-14 21:52:40
感谢您的回复，我之前用mercury看过了，金属离子是八配位的，和六个配体配位，1个配体是和6个金属配位，生成的一维链通过配体连接成3D结构，至于堆积方面，由于溶剂分子全部被删除，所以看不出H键，我用olex处理后 ...

你用platon检测看有无氢键，溶剂分子需保留，有的话在diamond中绘制，我可以代劳

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4楼2014-03-15 00:34:03
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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-15 00:34:03
你用platon检测看有无氢键，溶剂分子需保留，有的话在diamond中绘制，我可以代劳
...

这个晶体不是我自己解的，是别人帮我弄出来的，当时帮忙解的人说溶剂分子不确定，所以解出来后溶剂分子未保留，发给我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就没有看见，要不我把原始的晶体数据发给您看看，我这个就是毕业论文里面需要说明一下拓扑结构和拓扑分析，如果弄好了有重谢。
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5楼2014-03-15 11:40:29
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情化钾

金虫 (正式写手)
引用回帖:
5楼: Originally posted by 烟波钓徒de at 2014-03-15 11:40:29
这个晶体不是我自己解的，是别人帮我弄出来的，当时帮忙解的人说溶剂分子不确定，所以解出来后溶剂分子未保留，发给我的文件就只有CIF以及RES文件，其余的就没有看见，要不我把原始的晶体数据发给您看看，我这个就 ...

解晶体我也不擅长，实在是爱莫能助。H键什么的就先不写了吧
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6楼2014-03-15 15:31:17
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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-15 15:31:17
解晶体我也不擅长，实在是爱莫能助。H键什么的就先不写了吧...

嗯那好，没有问题只要能够把拓扑结构弄出来就行，其余的都没有多大关系的
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7楼2014-03-18 09:45:43
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lwyzky
8楼2014-03-18 10:01:35
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crystal701

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

{4^11.6^4}
Topological type: 6/4/t7; sqc885
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9楼2014-06-02 00:41:13
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