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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)

[求助] 求助一个晶体的拓扑结构及拓扑分析 已有2人参与

本人现有一个晶体结构,由于是3D结构想分析其拓扑结构,自己对于拓扑不是很懂,之前摸索了一下TOPOS4,OLEX,DIAMOND,都不得其要领,因而在此求助各位topos高手分析一下,cIf文件已上传,不甚感激!
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  • 2014-03-14 12:30:12, 31.91 K

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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-14 15:20:30
你可以用mercury,简单易学,比diamond好用的多,可以使用short contact命令看生长方式,或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式,还有从配位模式上来分析,是几配位几面体,是否有H键作用 ...

感谢您的回复,我之前用mercury看过了,金属离子是八配位的,和六个配体配位,1个配体是和6个金属配位,生成的一维链通过配体连接成3D结构,至于堆积方面,由于溶剂分子全部被删除,所以看不出H键,我用olex处理后不知道如何进行节点选择,所以很头疼,能否帮忙看一下,万分感谢!
3楼2014-03-14 21:52:40
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情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
烟波钓徒de: 金币+10, ★★★很有帮助 2014-03-14 21:55:08
你可以用mercury,简单易学,比diamond好用的多,可以使用short contact命令看生长方式,或者calculate--packing/slicing中pack后生长看3维结构的生长方式,还有从配位模式上来分析,是几配位几面体,是否有H键作用,是否有π堆积,基本就是这几个方面了
2楼2014-03-14 15:20:30
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情化钾

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
3楼: Originally posted by 烟波钓徒de at 2014-03-14 21:52:40
感谢您的回复,我之前用mercury看过了,金属离子是八配位的,和六个配体配位,1个配体是和6个金属配位,生成的一维链通过配体连接成3D结构,至于堆积方面,由于溶剂分子全部被删除,所以看不出H键,我用olex处理后 ...

你用platon检测看有无氢键,溶剂分子需保留,有的话在diamond中绘制,我可以代劳

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-03-15 00:34:03
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烟波钓徒de

木虫 (正式写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by 情化钾 at 2014-03-15 00:34:03
你用platon检测看有无氢键,溶剂分子需保留,有的话在diamond中绘制,我可以代劳
...

这个晶体不是我自己解的,是别人帮我弄出来的,当时帮忙解的人说溶剂分子不确定,所以解出来后溶剂分子未保留,发给我的文件就只有CIF以及RES文件,其余的就没有看见,要不我把原始的晶体数据发给您看看,我这个就是毕业论文里面需要说明一下拓扑结构和拓扑分析,如果弄好了有重谢。
5楼2014-03-15 11:40:29
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