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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 【请教】有关拓扑检查前的结构简化问题
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lfc85

金虫 (正式写手)

[交流] 【请教】有关拓扑检查前的结构简化问题 已有7人参与

直接把原始的cif 或者res 数据导入topos4.0 来检查拓扑有时候不太方面，特别是对于以金属簇为结点的结构。因此我们可以在XP，或者Xseed 程序中进行一下技术处理。如图所示，首先删除所有的游离水分子和H 原子，这些对拓扑没影响；然后找到BTC 苯环的中心，将其命名为新的C3，删除原先的C3；同样操作找到双核Cu 的中心，命名为Cu1，删除原先的Cu1 和O2；保存修改后的res 文件。
。
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1楼 2010-11-11 12:03:22
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
有时候是可行的 呵呵
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2楼2010-11-11 12:35:24
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lfc85

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 12:35:24:
有时候是可行的 呵呵

不知道怎么操作？你能说点详细点吗
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3楼2010-11-11 14:26:21
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
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引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 14:26:21:

不知道怎么操作？你能说点详细点吗

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的
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4楼2010-11-11 14:35:46
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸
★
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个人觉得你的简化有些不妥，
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5楼2010-11-11 14:55:24
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ifent

金虫 (小有名气)
★
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简化的是有问题，二连接在拓扑图中应该省略
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6楼2010-11-11 15:13:23
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lfc85

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 14:35:46:

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的

但没法命名，假原子与其他原子连接，res记录吗？topos识别吗？
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7楼2010-11-11 16:28:54
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)
★
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引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 16:28:54:

但没法命名，假原子与其他原子连接，res记录吗？topos识别吗？

对于这类的结构干吗一定要插入假原子  topos不需要的啊 而且插入一个C 他和周围的三个羧基距离也很远 默认不会成键吧
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8楼2010-11-11 16:35:34
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zyq87

禁虫 (小有名气)
本帖内容被屏蔽
9楼2010-11-11 16:46:31
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liudongchem

铁杆木虫 (正式写手)
不敢苟同
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10楼2010-11-11 16:59:33
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