24小时热门版块排行榜    

Znn3bq.jpeg
查看: 1582  |  回复: 10

lfc85

金虫 (正式写手)

[交流] 【请教】有关拓扑检查前的结构简化问题 已有7人参与

直接把原始的cif 或者res 数据导入topos4.0 来检查拓扑有时候不太方面,特别是对于以金属簇为结点的结构。因此我们可以在XP,或者Xseed 程序中进行一下技术处理。如图所示,首先删除所有的游离水分子和H 原子,这些对拓扑没影响;然后找到BTC 苯环的中心,将其命名为新的C3,删除原先的C3;同样操作找到双核Cu 的中心,命名为Cu1,删除原先的Cu1 和O2;保存修改后的res 文件。
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

有时候是可行的 呵呵
2楼2010-11-11 12:35:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfc85

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 12:35:24:
有时候是可行的 呵呵

不知道怎么操作?你能说点详细点吗
3楼2010-11-11 14:26:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 14:26:21:

不知道怎么操作?你能说点详细点吗

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的
4楼2010-11-11 14:35:46
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人觉得你的简化有些不妥,
5楼2010-11-11 14:55:24
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

ifent

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
简化的是有问题,二连接在拓扑图中应该省略
6楼2010-11-11 15:13:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

lfc85

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 14:35:46:

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的

但没法命名,假原子与其他原子连接,res记录吗?topos识别吗?
7楼2010-11-11 16:28:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 16:28:54:

但没法命名,假原子与其他原子连接,res记录吗?topos识别吗?

对于这类的结构干吗一定要插入假原子  topos不需要的啊 而且插入一个C 他和周围的三个羧基距离也很远 默认不会成键吧
8楼2010-11-11 16:35:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zyq87

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2010-11-11 16:46:31
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liudongchem

铁杆木虫 (正式写手)

不敢苟同
10楼2010-11-11 16:59:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 lfc85 的主题更新
普通表情 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 调剂求收留 +29 果然有我 2026-04-10 30/1500 2026-04-12 22:14 by zxcwyt
[考研] 电气专硕320求调剂 +6 小麻子111 2026-04-10 6/300 2026-04-12 10:54 by lemon6009
[考研] 一志愿华中农微生物,288分,三年实验经历 +11 代fish 2026-04-09 11/550 2026-04-12 10:21 by Hayaay
[考研] 求调剂,262机械专硕 +8 嗯yyl 2026-04-08 8/400 2026-04-12 02:31 by 秋豆菜芽
[考研] 计算机22408 281分,求调剂 +7 17715607211 2026-04-06 7/350 2026-04-12 00:43 by xuxiang
[考研] 277 数一104,学硕,求调剂 +21 瓶子PZ 2026-04-09 23/1150 2026-04-11 23:12 by labixiaoqiao
[考研] 求调剂 +11 月@163.com 2026-04-07 13/650 2026-04-11 22:55 by BruceLiu320
[考研] 343求调剂 +9 王国帅 2026-04-10 9/450 2026-04-11 20:31 by dongdian1
[考研] 085410-273求调剂 +6 X1999 2026-04-10 6/300 2026-04-11 10:32 by Delta2012
[考研] 0854调剂 +8 950824he@ 2026-04-09 8/400 2026-04-11 10:11 by zhq0425
[考研] 化学工程与技术324调剂 +23 孙常华 2026-04-09 25/1250 2026-04-11 00:07 by 骑牛渡寒江
[考研] 调剂 +12 卷卷卷心菜_ 2026-04-09 13/650 2026-04-10 22:36 by Ftglcn90
[考研] 江苏大学 工科调剂 捡漏 +3 Evan_Liu 2026-04-09 5/250 2026-04-10 10:22 by Evan_Liu
[考研] 297求调剂 +27 GENJIOW 2026-04-07 30/1500 2026-04-09 23:20 by wolf97
[考研] 招收有机化学、化工,药学,食品灯专业学生 +3 yrfhjgdj 2026-04-08 3/150 2026-04-09 10:15 by QYQX_123
[考研] 308求调剂 +17 墨墨漠 2026-04-06 17/850 2026-04-09 09:25 by 壹往無前
[考研] 一志愿华东理工085601材料工程303分求调剂 +15 a1708 2026-04-06 15/750 2026-04-08 16:23 by luoyongfeng
[考研] 287求调剂 +6 Fnhc 2026-04-07 6/300 2026-04-08 10:05 by xingguangj
[考研] 263分B区求调剂 +6 李nihao 2026-04-08 6/300 2026-04-08 09:38 by 南开小綦
[考研] 085602调剂 初试总分335 +3 19123253302 2026-04-06 3/150 2026-04-07 18:00 by jp9609
信息提示
请填处理意见