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lfc85

金虫 (正式写手)

[交流] 【请教】有关拓扑检查前的结构简化问题 已有7人参与

直接把原始的cif 或者res 数据导入topos4.0 来检查拓扑有时候不太方面,特别是对于以金属簇为结点的结构。因此我们可以在XP,或者Xseed 程序中进行一下技术处理。如图所示,首先删除所有的游离水分子和H 原子,这些对拓扑没影响;然后找到BTC 苯环的中心,将其命名为新的C3,删除原先的C3;同样操作找到双核Cu 的中心,命名为Cu1,删除原先的Cu1 和O2;保存修改后的res 文件。
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)

有时候是可行的 呵呵
2楼2010-11-11 12:35:24
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lfc85

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 12:35:24:
有时候是可行的 呵呵

不知道怎么操作?你能说点详细点吗
3楼2010-11-11 14:26:21
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 14:26:21:

不知道怎么操作?你能说点详细点吗

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的
4楼2010-11-11 14:35:46
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yunruirui

荣誉版主 (著名写手)

云朵爸


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
个人觉得你的简化有些不妥,
5楼2010-11-11 14:55:24
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ifent

金虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
简化的是有问题,二连接在拓扑图中应该省略
6楼2010-11-11 15:13:23
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lfc85

金虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by huahua1216 at 2010-11-11 14:35:46:

diamond很容易插入一个假原子 而且对于btc这类的基团 我相信topos应该可以识别的

但没法命名,假原子与其他原子连接,res记录吗?topos识别吗?
7楼2010-11-11 16:28:54
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huahua1216

至尊木虫 (文坛精英)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖交流
引用回帖:
Originally posted by lfc85 at 2010-11-11 16:28:54:

但没法命名,假原子与其他原子连接,res记录吗?topos识别吗?

对于这类的结构干吗一定要插入假原子  topos不需要的啊 而且插入一个C 他和周围的三个羧基距离也很远 默认不会成键吧
8楼2010-11-11 16:35:34
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zyq87

禁虫 (小有名气)

本帖内容被屏蔽

9楼2010-11-11 16:46:31
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liudongchem

铁杆木虫 (正式写手)

不敢苟同
10楼2010-11-11 16:59:33
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