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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 筛出一株相似度为90％的菌是不是新种
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

[交流] 筛出一株相似度为90％的菌是不是新种已有18人参与

在NCBI上blast就几个为90％剩下的全部为89％

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山东
1楼2014-09-28 09:49:30
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cdut1973

铁杆木虫 (小有名气)
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8楼: Originally posted by 2012013923 at 2014-09-29 22:30:09
您好，请教一下这个新属和新种相似度有什么界定吗，比如百分之多少就是新属，我只看过书上说85%，不知道对不对。请不吝赐教...

现在比较简单的界定新物种的方法是看16S rRNA的相似度，一般相似度小于97%可以认为是新种，小于95%可以认为是新属。但是现在要想发表到国际上承认的主流期刊上还要做很多工作，包括基因组的相识度、理化性质分析等等。
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9楼2014-09-30 11:59:24
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muji9908

铁虫 (小有名气)
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是细菌还是真菌？扩的是哪个基因？质粒中测得还是PCR产物测得？你blast的是全部数据库还是cultured的数据库？
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2楼2014-09-29 08:42:20
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-09-29 07:42:20
是细菌还是真菌？扩的是哪个基因？质粒中测得还是PCR产物测得？你blast的是全部数据库还是cultured的数据库？

细菌，27f，1496r，PCR产物测过，连接到质粒克隆测过，我也不懂，我是环境工程专业，在NCBI上点blast后有点的microbe

[ 发自小木虫客户端 ]
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山东
3楼2014-09-29 09:16:56
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xlMAR

新虫 (小有名气)
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估计要新属或以上了
95%以下有新属可能性了
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4楼2014-09-29 11:48:51
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)
★
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90%很有可能是新种啊，恭喜楼主。
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5楼2014-09-29 12:48:25
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zhaodahe

木虫 (正式写手)
90%都是新属了

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6楼2014-09-29 20:09:34
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2012013923

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
通常85%以上是同种
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7楼2014-09-29 22:22:55
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2012013923

新虫 (初入文坛)
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引用回帖:
5楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2014-09-29 12:48:25
90%很有可能是新种啊，恭喜楼主。

您好，请教一下这个新属和新种相似度有什么界定吗，比如百分之多少就是新属，我只看过书上说85%，不知道对不对。请不吝赐教
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8楼2014-09-29 22:30:09
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见神一笑

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 2012013923 at 2014-09-29 22:22:55
通常85%以上是同种

现在严格地说99%以上才基本上算是同种，有的99%以上的都不是同种，97%以下的就完全可以考虑同种了，你这个85%不太对吧？
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好好努力
10楼2014-09-30 15:49:44
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