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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 微生物 » 分类/鉴定 » 筛出一株相似度为90％的菌是不是新种
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
20楼: Originally posted by 拂晓晨风 at 2014-10-22 21:58:22
其实随便筛选个菌菌，你去测测序列，基本上都找不出100%同源的，要发文章，如果仅仅只是做了一些简单的使用，想凭借说发现同源90%的新种想发好文章很难。

哦   明白了，还需要做一些其他的什么实验

[ 发自小木虫客户端 ]
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山东
21楼2014-10-23 09:53:09
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拂晓晨风

木虫 (正式写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
21楼: Originally posted by lylbiodiesel at 2014-10-23 09:53:09
哦   明白了，还需要做一些其他的什么实验
...

你想投文章，你就去数据库里下载类似的文献看看啊
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22楼2014-10-23 16:29:18
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20093651

铁杆木虫 (职业作家)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
估计不靠谱，你把序列发给我，我来给你比对比对
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但行好事，莫问前程
23楼2014-10-23 21:15:52
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dllchina

木虫 (著名写手)

有机的微生物大神
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
你的序列长度~分离来源呢？~90%是挺低的，你可以把最相似类群告诉我们~90%也不一定
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24楼2014-10-23 23:54:01
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wubingqi

木虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
90%很可能是新属了，一般97%以下就可以考虑是新种了，当然首先要保证序列测定准确，其次还有做各种生理生化实验、DNA杂交等才能最终确认。不知道你是从什么环境中采用什么手段分离到的菌株，现在发现一个新种都很难的，如果真的发现了新属，恭喜楼主。建议你截图发上来让大家看看。
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25楼2014-10-24 09:16:29
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
25楼: Originally posted by wubingqi at 2014-10-24 09:16:29
90%很可能是新属了，一般97%以下就可以考虑是新种了，当然首先要保证序列测定准确，其次还有做各种生理生化实验、DNA杂交等才能最终确认。不知道你是从什么环境中采用什么手段分离到的菌株，现在发现一个新种都很难 ...

这是比对结果
筛出一株相似度为90％的菌是不是新种
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山东
26楼2014-10-24 14:07:13
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
23楼: Originally posted by 20093651 at 2014-10-23 21:15:52
估计不靠谱，你把序列发给我，我来给你比对比对

这是比对结果
筛出一株相似度为90％的菌是不是新种-1
T5P_(ODMTGYC`Q%`Z5BITRK.jpg
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山东
27楼2014-10-24 14:07:58
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不止止止止

新虫 (初入文坛)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
3楼: Originally posted by lylbiodiesel at 2014-09-29 09:16:56
细菌，27f，1496r，PCR产物测过，连接到质粒克隆测过，我也不懂，我是环境工程专业，在NCBI上点blast后有点的microbe
...

请问你是怎么连到质粒上的呀，根据16S rDNA的测序结果直接设计引物吗
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28楼2021-07-28 15:23:51
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