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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

[交流] 筛出一株相似度为90%的菌是不是新种 已有18人参与

在NCBI上blast就几个为90%剩下的全部为89%

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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山东
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cdut1973

铁杆木虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
8楼: Originally posted by 2012013923 at 2014-09-29 22:30:09
您好,请教一下这个新属和新种相似度有什么界定吗,比如百分之多少就是新属,我只看过书上说85%,不知道对不对。请不吝赐教...

现在比较简单的界定新物种的方法是看16S rRNA的相似度,一般相似度小于97%可以认为是新种,小于95%可以认为是新属。但是现在要想发表到国际上承认的主流期刊上还要做很多工作,包括基因组的相识度、理化性质分析等等。
9楼2014-09-30 11:59:24
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普通回帖

muji9908

铁虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
是细菌还是真菌?扩的是哪个基因?质粒中测得还是PCR产物测得?你blast的是全部数据库还是cultured的数据库?
2楼2014-09-29 08:42:20
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lylbiodiesel

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by muji9908 at 2014-09-29 07:42:20
是细菌还是真菌?扩的是哪个基因?质粒中测得还是PCR产物测得?你blast的是全部数据库还是cultured的数据库?

细菌,27f,1496r,PCR产物测过,连接到质粒克隆测过,我也不懂,我是环境工程专业,在NCBI上点blast后有点的microbe

[ 发自小木虫客户端 ]
山东
3楼2014-09-29 09:16:56
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xlMAR

新虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
估计要新属或以上了
95%以下有新属可能性了
4楼2014-09-29 11:48:51
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圣迭戈

铜虫 (小有名气)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
90%很有可能是新种啊,恭喜楼主。
5楼2014-09-29 12:48:25
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zhaodahe

木虫 (正式写手)

90%都是新属了

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
6楼2014-09-29 20:09:34
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2012013923

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
通常85%以上是同种
7楼2014-09-29 22:22:55
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2012013923

新虫 (初入文坛)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
5楼: Originally posted by 圣迭戈 at 2014-09-29 12:48:25
90%很有可能是新种啊,恭喜楼主。

您好,请教一下这个新属和新种相似度有什么界定吗,比如百分之多少就是新属,我只看过书上说85%,不知道对不对。请不吝赐教
8楼2014-09-29 22:30:09
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见神一笑

木虫 (著名写手)


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
7楼: Originally posted by 2012013923 at 2014-09-29 22:22:55
通常85%以上是同种

现在严格地说99%以上才基本上算是同种,有的99%以上的都不是同种,97%以下的就完全可以考虑同种了,你这个85%不太对吧?
好好努力
10楼2014-09-30 15:49:44
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