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请教realtime qPCR跨内含子引物使用primer-blast设计后，检查其错误二级结构
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要做single cell qPCR，要设计90多个引物， 现在使用NCBI的PRIMER-blast设计的primer， 两个引物分别在两个exon上，primer-blast给出了一些跨内含子的引物，并且有同源对比之类的， 但是这些引物有些不是很合适，例如3`有多个连续相同碱基，末端有A， 如何确定这样跨内含子引物的二级结构是否合理？我一个一个放primer5里去找，基本都有错配，交联，发卡结构，很是郁闷，有没有比较好的筛选方式？毕竟90多个引物，要坑挂了。 是否有些设置可以筛选？ 或者如何设计跨内含子的引物，并且验证其二级结构？ 请大侠们指点！ |
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