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敏sunflower金虫 (小有名气)
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速度自相关函数 已有4人参与
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对于分子模拟方法计算自扩散系数，有帖子提到可以用速度自相关函数来计算。而且，帖子中还有人提到，由于通过MSD-t曲线得到扩散系数的方法不是适用于所有的体系，相比之下，通过速度自相关函数求取更好！ 我有三方面有些不解，还请大家帮忙指点一二！ 1. 速度自相关函数计算扩散系数的方法适用于什么样的体系那? 所有的扩散都适合吗？ 2. MSD-t曲线球扩散系数的方法适用于什么样的体系呐？ 3.如果想通过速度自相关函数计算扩散系数的话，有没有相关的教程呐? 我看到有用LAMMPS软件做的，MS软件可不可以那？ |
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3楼2015-02-05 12:51:53
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敏sunflower: 金币+10 2014-09-20 16:29:15
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对于均一体系自扩散系数的计算，MSD与速度自相关函数两种方法是等价的。只是速度自相关函数技术上操作起来有时有点困难，如果采样不够长的话函数噪音很大，积分起来误差比较大。 对于大多数体系，自扩散系数足够表征扩散了。有些情况下，有人会研究互扩散系数，比如这个帖子 http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7230279&fpage=1&target=blank 这里会用到速度关联函数的交叉形式。 对于非均一体系(anisotropic)体系，这是的自扩散系数不再是个常数，是个张量(diffusivity tensor），虽然这个张量在某些维度上的值仍然可以用MSD和速度自相关函数的分量来计算，但总体来讲这个情况比较复杂，需要特殊处理。 LAMMPS可以做VACF，material studio，我在网上搜了一下，貌似Forcite Plus可以做。你可以验证一下VACF和MSD得到的自扩散系数是否大致符合。 |
2楼2014-09-20 11:56:56
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难道你不看manual么？照着manual的例子先做一遍再说。 http://lammps.sandia.gov/doc/compute_vacf.html |
4楼2015-02-05 13:37:55
fwforest
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