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分子动力学模拟后 Vibrational analysis 已有1人参与
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| 分子动力学模拟完后，如何对输出的轨迹文件：xtd文件进行红外光谱（Vibrational analysis） 分析呢 |
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pigrass
专家顾问 (著名写手)
伊卡斯特的小猪
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专家经验: +503 - 模拟EPI: 4
- 应助: 377 (硕士)
- 金币: 10371
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- 专业: 高分子材料结构与性能
- 管辖: 分子模拟
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小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
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To analyze vibrational frequencies Open a 3D Atomistic document containing the results of a calculation in which one of the properties requested was Frequency and a Hessian matrix was produced. Select Tools | Vibrational Analysis from the menu bar to open the Vibrational Analysis dialog, select the Analysis tab. Click the Calculate modes button. Any vibrational modes are identified and listed according to their Frequency (in cm-1) and Intensity (in km/mol). Positive values are normal modes, negative frequencies indicate imaginary vibrations. Select a negative frequency and click the Animate button to view the vibration is represents. Click the Grid button to display a Grid document containing the frequency and intensity data. Click the Spectrum button to display the calculated IR spectrum for the structure, the properties of the spectrum can be set on the Options tab. |
2楼2014-09-18 15:23:45