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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by liuderong at 2014-08-01 16:23:34
在起始密码子和终止密码子之间的序列，能翻译蛋白的就叫外显子，其他的是内含子。起始密码子前就是3‘-UTR，终止密码子后是5’-UTR。...

那么内含子和外显子合起来叫什么序列？
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11楼2014-08-01 19:21:56
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
10楼: Originally posted by usky_4 at 2014-08-01 18:13:06
不。ORF不是CDS。

CDS的定义是对的，即CDS是已知的一个基因上确确实实翻译成蛋白质的区段。

ORF则是指，任意一段序列，只要起于ATG止于终止子，都可以叫做ORF。ORF是一种预测，而不是一种已知的翻译区。即随 ...

谢谢你的解答，那么CDS可包括多个ORF这句话怎么理解呢？因为按你所说ORF包括ATG和终止子，CDS也是包括ATG和终止子的，那么CDS为什么可以包括多个ORF?
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12楼2014-08-01 19:25:19
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:00
lmc2537: 金币+2, ★★★很有帮助 2014-08-02 11:03:33
引用回帖:
12楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 19:25:19
谢谢你的解答，那么CDS可包括多个ORF这句话怎么理解呢？因为按你所说ORF包括ATG和终止子，CDS也是包括ATG和终止子的，那么CDS为什么可以包括多个ORF?...

关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结

图片来自wiki

图中序列为
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假设这是某种基因的CDS。那么在这段序列中，由图所示，会出现三种始于ATG终于终止子的片段，由于这三种都有可能翻译成氨基酸，所以你可以说这段序列有三种可能的ORF。但是在基因中真正翻译出来的只有1，那么当你说这段基因的CDS的时候，只能是1.
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下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
13楼2014-08-01 20:36:56
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

引用回帖:
13楼: Originally posted by usky_4 at 2014-08-01 20:36:56
图片来自wiki

图中序列为
ATGCAATGGGGAAATGTTACCAGGTCCGAACTTATTGAGGTAAGACAGATTTAA

假设这是某种基因的CDS。那么在这段序列中，由图所示，会出现三种始于ATG终于终止子的片段，由于这三种都有可能翻译 ...

还有一点忘了说，你说的CDS包含多个ORF是不严谨的说法。

虽然在大多数情况下，一段序列里越长的ORF越有可能是CDS，但并不是绝对的。如上所示，如果说2才是真正的CDS的话，那么你的CDS其实就只有一个ORF。因为1和3都不包含在2里面的。
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下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
14楼2014-08-01 20:46:45
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41
10楼对ORF的解释是对的。

Definition:

A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain.
    Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine

A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF.
    Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc.

An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene.
    Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute

CDS:
The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery.

ORF和CDS的比较：
CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed.
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15楼2014-08-01 22:56:37
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
11楼: Originally posted by lmc2537 at 2014-08-01 19:21:56
那么内含子和外显子合起来叫什么序列？...

基因
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16楼2014-08-01 23:18:18
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
引用回帖:
10楼: Originally posted by usky_4 at 2014-08-01 18:13:06
不。ORF不是CDS。

CDS的定义是对的，即CDS是已知的一个基因上确确实实翻译成蛋白质的区段。

ORF则是指，任意一段序列，只要起于ATG止于终止子，都可以叫做ORF。ORF是一种预测，而不是一种已知的翻译区。即随 ...

你的回答，我非常赞同，事实也是你说的这个。
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
17楼2014-08-01 23:46:49
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
15楼: Originally posted by ssssllllnnnn at 2014-08-01 22:56:37
10楼对ORF的解释是对的。

Definition:

A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain.
    Definit ...

谢谢你的解答，我问题中还有一个疑问，就是关于内含子属于非编码序列，但和外显子一样属于编码区，这个概念是错的吗？潜意识中接受到的知识是这样的。
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18楼2014-08-02 11:06:00
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zans2009

铜虫 (初入文坛)
不错

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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19楼2014-08-03 00:01:00
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petitkang

新虫 (初入文坛)
1. 基因经过转录形成Pre mRNA，这里面包含着内含子和外显子（5端是以外显子打头，但是这段外显子不仅包含CDS，还包含5' UTR；3端是以外显子结束，但是这段外显子不仅包含CDS，还包含3' UTR），经过剪接形成成熟mRNA,内含子已减掉，如果抛开后来加上去的cap和poly A的话，这时全是外显子，但是不全是CDS，因为只有中间的那部分以起始密码子开始、以终止密码子结束的片段才是CDS，只有这部分才会被翻译成蛋白质。
2. CDS是指被翻译成蛋白质的片段（故而肯定是以起始密码子开始，以终止密码子结束的片段），而ORF仅仅是指以起始密码子开始，以终止密码子结束的片段，可以说是潜在的CDS
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20楼2016-03-11 15:06:08
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