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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结 已有4人参与

查了网上的相关资料，但是没有解决本人的疑惑，这里向大家求助，谢谢！

1、编码区与CDS是同一个概念吗？因为编码区包含内含子和外显子，但是cds只包含起始密码到终止密码的序列，所以应该不是同一个概念吧？

2、CDS与开放阅读框的区别？查了网上的相关资料，但是仍旧有疑问，为什么CDS可以包括很多个开放阅读框？
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1楼 2014-07-31 17:58:35
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usky_4

银虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-01 23:46:20
引用回帖:
7楼: Originally posted by gyesang at 2014-08-01 14:46:36
实际上，CDS和ORF是一个意思
CDS可包括多个ORF这句话是错误的...

不。ORF不是CDS。

CDS的定义是对的，即CDS是已知的一个基因上确确实实翻译成蛋白质的区段。

ORF则是指，任意一段序列，只要起于ATG止于终止子，都可以叫做ORF。ORF是一种预测，而不是一种已知的翻译区。即随意写下一段DNA序列，只要以三个碱基为单位能找到ATG和终止子，就可以称作ORF，这段ORF甚至可能不是一段真正存在的DNA序列，但是它仍然是ORF。一段序列是可以有多个ORF的，只有当ORF符合已知的可翻译成蛋白的序列时，才能等同于CDS。
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下次再见面的时候，我们一定会笑着相遇吧
10楼2014-08-01 18:13:06
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-31 20:10:37
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。
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2楼2014-07-31 19:39:00
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmc2537(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-01 10:32:22
1. 基因的编码区(Coding region），亦称为“编码序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中编码蛋白质的那部分序列。
以上几个术语对应的是同一段序列，无论是在mRNA层面还是在含有内含子的DNA序列层面理解

2. CDS也等同于ORF（open reading frame）是编码蛋白质的序列，以ATG开始--终止密码子结束。
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2014-07-31 20:17:26
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 19:39:00
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。

我的理解是基因包括编码区和非编码区，其中编码区包括内含子和外显子，也就是能够转录成hnRNA的部分，而CDS与编码区感觉不是同一个概念，编码区的概念应该比CDS更大，CDS为编码序列，即mRNA的中间部分，而编码区显然大于mRNA，所以编码区包含了编码序列。
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4楼2014-07-31 22:15:22
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