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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结
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lmc2537

铜虫 (小有名气)

[求助] 关于编码区、CDS、开放阅读框的纠结 已有4人参与

查了网上的相关资料，但是没有解决本人的疑惑，这里向大家求助，谢谢！

1、编码区与CDS是同一个概念吗？因为编码区包含内含子和外显子，但是cds只包含起始密码到终止密码的序列，所以应该不是同一个概念吧？

2、CDS与开放阅读框的区别？查了网上的相关资料，但是仍旧有疑问，为什么CDS可以包括很多个开放阅读框？
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1楼 2014-07-31 17:58:35
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ssssllllnnnn

至尊木虫 (知名作家)

Translator and Proofreader

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
gyesang: 金币+3, 鼓励回帖交流！ 2014-08-03 01:09:41
10楼对ORF的解释是对的。

Definition:

A reading frame in a sequence of nucleotides in DNA that contains no termination codons and so can potentially translate as a polypeptide chain.
    Definition from: NCI Thesaurus via Unified Medical Language System at the National Library of Medicine

A reading frame that does not contain a nucleotide triplet which stops translation before formation of a complete polypeptide -- abbreviation ORF.
    Definition from: Merriam-Webster's Medical Dictionary by Merriam-Webster Inc.

An open reading frame is a portion of a DNA molecule that, when translated into amino acids, contains no stop codons. The genetic code reads DNA sequences in groups of three base pairs, which means that a double-stranded DNA molecule can read in any of six possible reading frames--three in the forward direction and three in the reverse. A long open reading frame is likely part of a gene.
    Definition from: Talking Glossary of Genetic Terms from the National Human Genome Research Institute

CDS:
The Coding Sequence (CDS) is the actual region of DNA that is translated to form proteins. the CDS refers to those nucleotides(concatenated exons) that can be divided into codons which are actually translated into amino acids by the ribosomal translation machinery.

ORF和CDS的比较：
CDS means only that the sequence is known to be transcribed and, therefore, it is coding for something -- neither gene nor protein has to be known. Any full mRNA sequence (obtained from cDNA sequencing) will have a full coding sequence. ORF is usually predicted based on DNA sequence and not proven to be transcribed.
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15楼2014-08-01 22:56:37
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liuderong

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
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gyesang: 金币+2, 鼓励回帖交流！ 2014-07-31 20:10:37
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。
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2楼2014-07-31 19:39:00
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gyesang

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
lmc2537(西门吹雪170代发): 金币+3, 鼓励回帖交流 2014-08-01 10:32:22
1. 基因的编码区(Coding region），亦称为“编码序列”（Coding sequence）或“CDS”（Coding DNA Sequence），是指mRNA序列中编码蛋白质的那部分序列。
以上几个术语对应的是同一段序列，无论是在mRNA层面还是在含有内含子的DNA序列层面理解

2. CDS也等同于ORF（open reading frame）是编码蛋白质的序列，以ATG开始--终止密码子结束。
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学术问题讨论咨询发邮件gyesang@163.com
3楼2014-07-31 20:17:26
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lmc2537

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liuderong at 2014-07-31 19:39:00
1.编码区就是CDS！编码区是中文名，不含内含子，CDS是英文缩写，两者所指内容是一样的。mRNA是包含了起始密码子前和终止密码子后的序列的，估计你把编码区理解成mRNA了。
2.开放阅读框有点类似于外显子。

我的理解是基因包括编码区和非编码区，其中编码区包括内含子和外显子，也就是能够转录成hnRNA的部分，而CDS与编码区感觉不是同一个概念，编码区的概念应该比CDS更大，CDS为编码序列，即mRNA的中间部分，而编码区显然大于mRNA，所以编码区包含了编码序列。
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4楼2014-07-31 22:15:22
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