24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2576  |  回复: 9

syp719

木虫 (正式写手)

[求助] SSR-PCR 杂带很多 求解决方案已有2人参与

此图为SSR-PCR产物非变性PAGE电泳图谱,marker为20bp,第四条带为200bp,二倍体植物为什么这么多带,退火温度左边1-8为63.4度,右边8个为61.9度,上下游引物Tm值分别为59.8℃,59.6℃,是模板纯度不够还是PCR程序不适合还是反应体系不合适呢?求各位老师同学提供宝贵意见建议!谢谢!!!!
【备注:10ul反应体系PCRmix5-6ul,premierF/R各0.5ul,模板1ul(约40ng),ddH20补齐。
反应程序:94℃ 4min,94℃ 50S,63.4℃ 50S,72℃ 30S,30cycle,72℃ 7min,
电泳上样2ul,电泳40min,硝酸银染色,氢氧化钠甲醛溶液显色】

SSR-PCR 杂带很多  求解决方案
DSC04720.JPG
回复此楼
好好品味生活!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

867575969

至尊木虫 (著名写手)

One Piece

★ ★ ★ ★
syp719(kx444555代发): 金币+4, 鼓励交流 2014-07-22 08:34:19
杂带一般是非特异性扩增引起的,看lz的带跑的挺好的,也没有拖尾现象,只是带比较多。一般做ssr-pcr不就是比较基因组差异性吗,如果lz觉得带多进行分析时较麻烦,那估计得换个引物,提高特异性!
有些东西因为得不到而变得美好,有些东西因为拥有而变得弥足珍贵!
2楼2014-07-22 07:59:36
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syp719

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 867575969 at 2014-07-22 07:59:36
杂带一般是非特异性扩增引起的,看lz的带跑的挺好的,也没有拖尾现象,只是带比较多。一般做ssr-pcr不就是比较基因组差异性吗,如果lz觉得带多进行分析时较麻烦,那估计得换个引物,提高特异性!

哦,有人说对于二倍体生物而言,SSR一般1-2条带,我这为什么都是3条以上,分不清主带。染色浅的带要统计吗
好好品味生活!
3楼2014-07-22 09:09:50
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

syp719

木虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 867575969 at 2014-07-22 07:59:36
杂带一般是非特异性扩增引起的,看lz的带跑的挺好的,也没有拖尾现象,只是带比较多。一般做ssr-pcr不就是比较基因组差异性吗,如果lz觉得带多进行分析时较麻烦,那估计得换个引物,提高特异性!

目的带应该是200bp,可是200-300bp之间好多样品3条带,300以上的也有几条染色清楚的要忽略不计吗
好好品味生活!
4楼2014-07-22 09:16:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

jbhu220

铁杆木虫 (职业作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syp719: 金币+6, ★★★很有帮助, 谢谢 2014-07-24 08:43:13
一般来说SSR产物有1-2条带,呈共显性,最好是single-locus变异。你这个引物可能设计不好,没有出现变异,而且非特异扩增很多,我估计有变异也是呈显性的
5楼2014-07-23 15:26:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

幺哥撸啊撸

铜虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
syp719: 金币+5, 有帮助, 谢谢 2014-07-24 08:42:46
我觉得只看最深的主带就行 上方的浅色带不用管 浅色带与主色带连锁 不用担心
6楼2014-07-23 17:25:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

18761615793

木虫 (正式写手)

小虫

杂带一般都是非特异性条带引起的,可以尝试提高退火温度或使用热启动PCR酶扩增,超保真Taq酶(热启动型的)效果也很好。。。
todayisdifficult,tomorrowismoredifficult,butthedayaftertomorrowisbeautiful
7楼2015-07-06 17:08:21
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myh1205

新虫 (初入文坛)

我最近的也是这样,你解决了嘛?

发自小木虫IOS客户端
8楼2017-06-09 13:09:12
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

myh1205

新虫 (初入文坛)

9楼2017-06-10 14:06:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

肖申克的舅叔

金虫 (正式写手)

说实话哈,我觉得如果是sSR引物的话条带炖才更好啊,越有利于分析多态性啊,这又不是为了扩增回收,只要sSR引物扩增条带是稳定存在的,当然是多多益善了

发自小木虫Android客户端
10楼2017-06-11 10:55:03
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 syp719 的主题更新
信息提示
请填处理意见