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syp719

木虫 (正式写手)

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[求助] SSR-PCR 杂带很多求解决方案已有2人参与

此图为SSR-PCR产物非变性PAGE电泳图谱，marker为20bp,第四条带为200bp,二倍体植物为什么这么多带，退火温度左边1-8为63.4度，右边8个为61.9度，上下游引物Tm值分别为59.8℃，59.6℃，是模板纯度不够还是PCR程序不适合还是反应体系不合适呢？求各位老师同学提供宝贵意见建议！谢谢！！！！
【备注：10ul反应体系PCRmix5-6ul,premierF/R各0.5ul,模板1ul(约40ng），ddH20补齐。
反应程序：94℃ 4min,94℃ 50S,63.4℃ 50S,72℃ 30S,30cycle,72℃ 7min,
电泳上样2ul,电泳40min,硝酸银染色，氢氧化钠甲醛溶液显色】

DSC04720.JPG

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好好品味生活！

1楼2014-07-21 20:57:56

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syp719

木虫 (正式写手)

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引用回帖:

2楼: Originally posted by 867575969 at 2014-07-22 07:59:36
杂带一般是非特异性扩增引起的，看lz的带跑的挺好的，也没有拖尾现象，只是带比较多。一般做ssr-pcr不就是比较基因组差异性吗，如果lz觉得带多进行分析时较麻烦，那估计得换个引物，提高特异性！

哦，有人说对于二倍体生物而言，SSR一般1-2条带，我这为什么都是3条以上，分不清主带。染色浅的带要统计吗