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1334590579

铜虫 (初入文坛)

[求助] 使用mopac2012做完结构优化后如何从.out文件中得到结构呢? 已有4人参与

使用mopac2012做完结构优化后如何从.out文件中得到结构呢?
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)


很简单,你找
ATOM   CHEMICAL          X               Y               Z
  NUMBER   SYMBOL      (ANGSTROMS)     (ANGSTROMS)     (ANGSTROMS)

     1       C         -1.09107905  *  -1.57543613  *  -0.30187106  *
     2       C         -0.28823482  *  -1.22990859  *   0.78467546  *
     3       C          0.31230698  *   0.03865173  *   0.78219605  *


  1       C         -1.09107905  *  -1.57543613  *  -0.30187106  *
     2       C         -0.28823482  *  -1.22990859  *   0.78467546  *
     3       C          0.31230698  *   0.03865173  *   0.78219605  *
这些复制到excel里,就是结构,稍作处理就可以用了
6楼2014-07-12 17:02:14
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chengjienjut

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
1334590579: 金币+3, 有帮助 2014-07-11 19:39:29
有一个winmopac软件可以读取out文件 你可以试试
2楼2014-07-11 16:10:13
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雪狼乖乖

木虫 (正式写手)


【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
引用回帖:
4楼: Originally posted by chengjienjut at 2014-07-11 21:13:05
你可以看看另存为 如果没有gjf格式的可以另存成某一格式然后用其他软件打开再存为gjf的 我装了gaussian 基本没用上 所以也不是很了解...

不是这么做的,请看我的回复
7楼2014-07-12 17:02:58
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫


【答案】应助回帖

★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
zhou2009: 金币+3 2014-07-13 06:42:21
可以参考此贴
将MOPAC2012的几何优化过程转换为xyz轨迹文件的小工具
http://hi.baidu.com/sobereva/item/02416ec7f5676010505058e2

利用此工具和VMD程序,不仅可以观看最后优化的结构,还可以看优化过程,十分方便
9楼2014-07-12 22:59:51
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普通回帖

1334590579

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by chengjienjut at 2014-07-11 16:10:13
有一个winmopac软件可以读取out文件 你可以试试

可以看,能把图形输出为gjf格式的吗
3楼2014-07-11 19:40:14
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chengjienjut

铜虫 (小有名气)

引用回帖:
3楼: Originally posted by 1334590579 at 2014-07-11 19:40:14
可以看,能把图形输出为gjf格式的吗...

你可以看看另存为 如果没有gjf格式的可以另存成某一格式然后用其他软件打开再存为gjf的 我装了gaussian 基本没用上 所以也不是很了解
4楼2014-07-11 21:13:05
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crosschannel

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

感谢参与,应助指数 +1
你用OpenBabel,把坐标粘进去,转成gjf
5楼2014-07-12 07:02:23
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1334590579

铜虫 (初入文坛)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 雪狼乖乖 at 2014-07-12 17:02:14
很简单,你找
ATOM   CHEMICAL          X               Y               Z
  NUMBER   SYMBOL      (ANGSTROMS)     (ANGSTROMS)     (ANGSTROMS)

     1       C         -1.09107905  *  -1.57543613  * ...

可以用 ,谢谢了
8楼2014-07-12 22:12:02
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雨泊

铜虫 (初入文坛)

您好,能问您个问题吗?MOPAC做优化时用到那几个关键词啊?
有志者事竟成
10楼2015-10-30 09:36:27
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