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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 油水界面的分子动力学模拟已有2人参与

建立了一个完全混溶的氯仿和水二元溶液盒子（1229个水分子+276个氯仿分子，盒子大小3.5*3.5*6.0nm），想通过模拟使它们油水分离，但是电脑跑了一天，步长1fs，模拟时间800ps，从3D图像上看不出分离，试了好几次都是这样，求解是怎么回事
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逆风奔跑。
1楼2014-07-10 22:49:41
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飞行鸟

至尊木虫 (文坛精英)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
CQU_wjq: 金币+10, ★有帮助 2014-07-12 15:43:03
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-16 16:23:49
1 可能时间太短了，要几ns
2 1fs太大，0.几才行
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快乐吧
2楼2014-07-10 23:47:28
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2014-07-10 23:47:28
1 可能时间太短了，要几ns
2 1fs太大，0.几才行

我是按照文献里的对象和条件设置的，但是一点油水分离的迹象都看不出来，所以我在想会不会是其他地方设错了
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逆风奔跑。
3楼2014-07-11 08:58:24
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
CQU_wjq(月只蓝代发): 金币+2, 感谢指导！ 2014-07-16 16:24:10
最好发下文献
不过我好像找到那篇文献了
文献用的amber力场
MS里你可能用的力场不适合做油水分离
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  • 附件 1 : 阴离子表面活性剂在油水界面聚集的分子动力学模拟.pdf
    • 2014-07-11 10:08:21, 4.6 M
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-07-11 10:06:21
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
MS做油水分离你可以参考创腾初级教程中《计算共存相之间的界面张力》，是用DPD做的，可以看到油水分离现象，涉及表面活性剂的话也可以DPD，有文献的，你可以找找
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CQU_wjq
#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-07-11 10:14:28
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-11 10:06:21
最好发下文献
不过我好像找到那篇文献了
文献用的amber力场
MS里你可能用的力场不适合做油水分离

我是用discover算的，compass力场
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逆风奔跑。
6楼2014-07-11 10:38:48
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-11 10:14:28
MS做油水分离你可以参考创腾初级教程中《计算共存相之间的界面张力》，是用DPD做的，可以看到油水分离现象，涉及表面活性剂的话也可以DPD，有文献的，你可以找找

恩，我看一下
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逆风奔跑。
7楼2014-07-11 10:40:00
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匿名

用户注销 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
CQU_wjq: 金币+5, ★有帮助 2014-07-13 20:06:33
本帖仅楼主可见
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8楼2014-07-13 19:51:42
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-07-13 19:51:42
1.考虑力场的问题，很容易想见排斥势参数越大肯定越容易分离
2.timestep和run time的影响，若你的体系timestep unit是fs的话考虑1fs或是0.5fstimestep，另外模拟时间应该在10ns，你跑的时间太短

谢谢啦
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逆风奔跑。
9楼2014-07-13 20:06:31
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