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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 油水界面的分子动力学模拟
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 油水界面的分子动力学模拟已有2人参与

建立了一个完全混溶的氯仿和水二元溶液盒子（1229个水分子+276个氯仿分子，盒子大小3.5*3.5*6.0nm），想通过模拟使它们油水分离，但是电脑跑了一天，步长1fs，模拟时间800ps，从3D图像上看不出分离，试了好几次都是这样，求解是怎么回事
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逆风奔跑。
1楼2014-07-10 22:49:41
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 飞行鸟 at 2014-07-10 23:47:28
1 可能时间太短了，要几ns
2 1fs太大，0.几才行

我是按照文献里的对象和条件设置的，但是一点油水分离的迹象都看不出来，所以我在想会不会是其他地方设错了
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逆风奔跑。
3楼2014-07-11 08:58:24
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-11 10:06:21
最好发下文献
不过我好像找到那篇文献了
文献用的amber力场
MS里你可能用的力场不适合做油水分离

我是用discover算的，compass力场
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逆风奔跑。
6楼2014-07-11 10:38:48
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
送红花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by pigrass at 2014-07-11 10:14:28
MS做油水分离你可以参考创腾初级教程中《计算共存相之间的界面张力》，是用DPD做的，可以看到油水分离现象，涉及表面活性剂的话也可以DPD，有文献的，你可以找找

恩，我看一下
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逆风奔跑。
7楼2014-07-11 10:40:00
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CQU_wjq

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
8楼: Originally posted by liuzhu0706 at 2014-07-13 19:51:42
1.考虑力场的问题，很容易想见排斥势参数越大肯定越容易分离
2.timestep和run time的影响，若你的体系timestep unit是fs的话考虑1fs或是0.5fstimestep，另外模拟时间应该在10ns，你跑的时间太短

谢谢啦
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逆风奔跑。
9楼2014-07-13 20:06:31
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