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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] pyrx使用问题 已有2人参与

请教高手,我按照网上pyrx教程“Click on File -> Import, click Next, enter 2gdzfor the PDB ID, and click Finish.
                                     Right-Clickon 2gdz in the Moleculestab, and select
                                     AutoDock -> Make Macromolecule. This opens up a dialog box that can be used to
                                     select amongst alternate conformations. Click OKto let PyRx (1) create a 2gdz folder
                                     under Macromolecules and (2) put 2gdz.pdbqt in it. ”
进行操作,但是结果总是说不能产生pdbqt文件,并且出现如图所示的问题,是因为什么。求高手指导,谢谢!

pyrx使用问题
1.png
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饭要一口一口的吃,路要一步一步的走!要想成功就要脚踏实地!
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gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-10 15:43:00

经过多次尝试,这个问题已成功解决,想知道请联系我吧。

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-07-11 00:16:09
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普通回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
@漂洋过海@: 金币+10, 有帮助 2014-07-11 16:02:47
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-16 16:16:45
我在使用Windows版PyRx时也遇到了同样的问题。换了个受体分子,在后面用直方图查看结果时又遇到了类似的问题,尝试重装Python、wxPython等方法都不能解决问题。
下面这个网址上有解决办法,但提供的方法似乎也不行。你可以试试,成功了告诉我。
http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=25&t=1585
2楼2014-07-10 15:39:58
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gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

3楼2014-07-10 15:43:00
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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-11 00:16:09
经过多次尝试,这个问题已成功解决,想知道请联系我吧。
...

你是怎么解决的?我这次把蛋白质处理了一下,还是会出现这种问题。求指导
饭要一口一口的吃,路要一步一步的走!要想成功就要脚踏实地!
5楼2014-07-11 15:10:16
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gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

内容已删除
6楼2014-07-11 18:32:56
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我们一起

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也出现过这个问题
我是将蛋白质里面的小分子删掉之后在导入到pyrx中,然后make macro...就可以了
7楼2014-09-02 17:21:38
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dsj5216

铜虫 (小有名气)

内容已删除
如果不能站在巨人肩膀上看世界,那么就只能尽自己的一切努力,让自己站的尽可能高。
8楼2019-12-05 23:00:34
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本帖内容被屏蔽

9楼2019-12-31 16:14:58
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本帖内容被屏蔽

10楼2020-01-02 17:19:00
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