24小时热门版块排行榜    

查看: 3774  |  回复: 13

@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] pyrx使用问题 已有2人参与

请教高手,我按照网上pyrx教程“Click on File -> Import, click Next, enter 2gdzfor the PDB ID, and click Finish.
                                     Right-Clickon 2gdz in the Moleculestab, and select
                                     AutoDock -> Make Macromolecule. This opens up a dialog box that can be used to
                                     select amongst alternate conformations. Click OKto let PyRx (1) create a 2gdz folder
                                     under Macromolecules and (2) put 2gdz.pdbqt in it. ”
进行操作,但是结果总是说不能产生pdbqt文件,并且出现如图所示的问题,是因为什么。求高手指导,谢谢!

pyrx使用问题
1.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐,对您同样有帮助:

饭要一口一口的吃,路要一步一步的走!要想成功就要脚踏实地!
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-10 15:43:00

经过多次尝试,这个问题已成功解决,想知道请联系我吧。

[ 发自小木虫客户端 ]
4楼2014-07-11 00:16:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
@漂洋过海@: 金币+10, ★有帮助 2014-07-11 16:02:47
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-07-16 16:16:45
我在使用Windows版PyRx时也遇到了同样的问题。换了个受体分子,在后面用直方图查看结果时又遇到了类似的问题,尝试重装Python、wxPython等方法都不能解决问题。
下面这个网址上有解决办法,但提供的方法似乎也不行。你可以试试,成功了告诉我。
http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=25&t=1585
2楼2014-07-10 15:39:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

3楼2014-07-10 15:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

引用回帖:
4楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-11 00:16:09
经过多次尝试,这个问题已成功解决,想知道请联系我吧。
...

你是怎么解决的?我这次把蛋白质处理了一下,还是会出现这种问题。求指导
饭要一口一口的吃,路要一步一步的走!要想成功就要脚踏实地!
5楼2014-07-11 15:10:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

内容已删除
6楼2014-07-11 18:32:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我们一起

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也出现过这个问题
我是将蛋白质里面的小分子删掉之后在导入到pyrx中,然后make macro...就可以了
7楼2014-09-02 17:21:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dsj5216

铜虫 (小有名气)

内容已删除
如果不能站在巨人肩膀上看世界,那么就只能尽自己的一切努力,让自己站的尽可能高。
8楼2019-12-05 23:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

9楼2019-12-31 16:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
本帖内容被屏蔽

10楼2020-01-02 17:19:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 @漂洋过海@ 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[职场人生] 40+中年人失业后,还能找到好工作吗? +10 xqy2009 2026-10-13 12/600 2026-10-15 19:24 by lpwang
[有机交流] 用NBS溴化时溶剂除了CCl4外还有什么 +3 18834002860 2026-10-12 6/300 2026-10-15 14:30 by 长沙摩尔信息科�
[基金申请] 申请科研项目纯靠实力能成功吗? 200+7 David1982 2026-10-13 11/550 2026-10-15 10:30 by zyqchem
[硕博家园] 极限拉扯,如何抉择 +11 Isak0320 2026-10-12 15/750 2026-10-14 21:55 by 猫鱼不是鱼
[论文投稿] 二审4个多月了还是Awaiting Reviewer Scores 10+3 纳斯达克ML 2026-10-11 4/200 2026-10-14 17:30 by babero
[有机交流] OpenAI又攻克数学难题了,离AI做有机合成还有多远? +8 wangyl_123 2026-10-10 13/650 2026-10-14 15:12 by zuesli
[教师之家] 课题组会帮你通过考核么? +4 好运来~9527 2026-10-10 7/350 2026-10-13 08:41 by xli1984
[公派出国] 售一区SCI文章T0P,我:8O.551.O54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:34 by XQNyDCa1Tk5n
[公派出国] 售SCI一区文章,我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 22:26 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区T0P文章,我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 9/450 2026-10-11 22:15 by XQNyDCa1Tk5n
[考博] 售SCI一区文章,我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 22:11 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI文章,我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 22:06 by XQNyDCa1Tk5n
[教师之家] 售SCI一区T0P文章,我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 (EPI+-1)(金币-50) +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 10/500 2026-10-11 14:25 by VOMexwnDzOFZ
[教师之家] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 (EPI+-1)(金币-50) +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 14:05 by VOMexwnDzOFZ
[考研] 售SCI文章,我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:51 by VOMexwnDzOFZ
[硕博家园] 售SCI-T0P文章,我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 8/400 2026-10-11 13:45 by VOMexwnDzOFZ
[找工作] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 7/350 2026-10-11 10:54 by VOMexwnDzOFZ
[考博] 招收博士生一名 +3 mandolin 2026-10-10 3/150 2026-10-11 10:21 by 不是山谷!
[公派出国] 售SCI一区T0P文章,我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 qR2AdCWTVtkw 2026-10-09 4/200 2026-10-11 03:14 by M0zrYVSAnxpE
信息提示
请填处理意见