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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » pyrx使用问题
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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] pyrx使用问题 已有2人参与

请教高手，我按照网上pyrx教程“Click on File -> Import, click Next, enter 2gdzfor the PDB ID, and click Finish.
                                     Right-Clickon 2gdz in the Moleculestab, and select
                                     AutoDock -> Make Macromolecule. This opens up a dialog box that can be used to
                                     select amongst alternate conformations. Click OKto let PyRx (1) create a 2gdz folder
                                     under Macromolecules and (2) put 2gdz.pdbqt in it. ”
进行操作，但是结果总是说不能产生pdbqt文件，并且出现如图所示的问题，是因为什么。求高手指导，谢谢！

pyrx使用问题
1.png
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饭要一口一口的吃，路要一步一步的走！要想成功就要脚踏实地！
1楼 2014-07-08 20:08:41
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回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-10 15:43:00

经过多次尝试，这个问题已成功解决，想知道请联系我吧。

[ 发自小木虫客户端 ]
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4楼2014-07-11 00:16:09
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普通回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
@漂洋过海@: 金币+10, ★有帮助 2014-07-11 16:02:47
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-16 16:16:45
我在使用Windows版PyRx时也遇到了同样的问题。换了个受体分子，在后面用直方图查看结果时又遇到了类似的问题，尝试重装Python、wxPython等方法都不能解决问题。
下面这个网址上有解决办法，但提供的方法似乎也不行。你可以试试，成功了告诉我。
http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=25&t=1585
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2楼2014-07-10 15:39:58
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gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
pyrx使用问题-1
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3楼2014-07-10 15:43:00
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@漂洋过海@

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-11 00:16:09
经过多次尝试，这个问题已成功解决，想知道请联系我吧。
...

你是怎么解决的？我这次把蛋白质处理了一下，还是会出现这种问题。求指导
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饭要一口一口的吃，路要一步一步的走！要想成功就要脚踏实地！
5楼2014-07-11 15:10:16
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gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
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6楼2014-07-11 18:32:56
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我们一起

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也出现过这个问题
我是将蛋白质里面的小分子删掉之后在导入到pyrx中，然后make macro...就可以了
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7楼2014-09-02 17:21:38
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dsj5216

铜虫 (小有名气)
内容已删除
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如果不能站在巨人肩膀上看世界，那么就只能尽自己的一切努力，让自己站的尽可能高。
8楼2019-12-05 23:00:34
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pl966

禁虫
本帖内容被屏蔽
9楼2019-12-31 16:14:58
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pl951

禁虫
本帖内容被屏蔽
10楼2020-01-02 17:19:00
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