应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » DS/Sybyl/Autodock » pyrx使用问题
141/2返回列表12下一页
查看: 3795  |  回复: 13
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

@漂洋过海@

金虫 (小有名气)

[求助] pyrx使用问题 已有2人参与

请教高手，我按照网上pyrx教程“Click on File -> Import, click Next, enter 2gdzfor the PDB ID, and click Finish.
                                     Right-Clickon 2gdz in the Moleculestab, and select
                                     AutoDock -> Make Macromolecule. This opens up a dialog box that can be used to
                                     select amongst alternate conformations. Click OKto let PyRx (1) create a 2gdz folder
                                     under Macromolecules and (2) put 2gdz.pdbqt in it. ”
进行操作，但是结果总是说不能产生pdbqt文件，并且出现如图所示的问题，是因为什么。求高手指导，谢谢！

pyrx使用问题
1.png
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
饭要一口一口的吃，路要一步一步的走！要想成功就要脚踏实地！
1楼 2014-07-08 20:08:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
回帖支持 ( 显示支持度最高的前 50 名 )

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-10 15:43:00

经过多次尝试，这个问题已成功解决，想知道请联系我吧。

[ 发自小木虫客户端 ]
赞一下(1人) 回复此楼
4楼2014-07-11 00:16:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
普通回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
@漂洋过海@: 金币+10, ★有帮助 2014-07-11 16:02:47
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-07-16 16:16:45
我在使用Windows版PyRx时也遇到了同样的问题。换了个受体分子，在后面用直方图查看结果时又遇到了类似的问题，尝试重装Python、wxPython等方法都不能解决问题。
下面这个网址上有解决办法，但提供的方法似乎也不行。你可以试试，成功了告诉我。
http://mgl.scripps.edu/forum/viewtopic.php?f=25&t=1585
赞一下 回复此楼
2楼2014-07-10 15:39:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
pyrx使用问题-1
赞一下 回复此楼
3楼2014-07-10 15:43:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

@漂洋过海@

金虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by gslzzhixin at 2014-07-11 00:16:09
经过多次尝试，这个问题已成功解决，想知道请联系我吧。
...

你是怎么解决的？我这次把蛋白质处理了一下，还是会出现这种问题。求指导
赞一下 回复此楼
饭要一口一口的吃，路要一步一步的走！要想成功就要脚踏实地！
5楼2014-07-11 15:10:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

gslzzhixin

铁杆木虫 (正式写手)
内容已删除
回复此楼
6楼2014-07-11 18:32:56
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

我们一起

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

我也出现过这个问题
我是将蛋白质里面的小分子删掉之后在导入到pyrx中，然后make macro...就可以了
赞一下 回复此楼
7楼2014-09-02 17:21:38
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

dsj5216

铜虫 (小有名气)
内容已删除
回复此楼
如果不能站在巨人肩膀上看世界，那么就只能尽自己的一切努力，让自己站的尽可能高。
8楼2019-12-05 23:00:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl966

禁虫
本帖内容被屏蔽
9楼2019-12-31 16:14:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

pl951

禁虫
本帖内容被屏蔽
10楼2020-01-02 17:19:00
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 @漂洋过海@ 的主题更新
141/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[公派出国] 售一区SCI文章T0P，我:8O.551.O54,科目全,可十急 +3 uKOSCocCb6Fm 2026-11-12 7/350 2026-11-15 02:48 by xSrQNSSjcgoX
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +5 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 7/350 2026-11-14 21:58 by Equinoxhua
[公派出国] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-13 11:37 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +5 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-13 11:04 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请（市政/环境） +3 ladf 2026-11-12 3/150 2026-11-13 08:19 by Equinoxhua
[考博] 27博士申请 +5 白白白ly 2026-11-09 5/250 2026-11-13 05:01 by wlf1982
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 Z7qfCsdIiD1T 2026-11-10 7/350 2026-11-12 11:31 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +7 czAiolzR0IJC 2026-11-10 9/450 2026-11-12 11:00 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 5/250 2026-11-12 10:49 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:27 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 8/400 2026-11-12 10:16 by HajghKOMynmz
[考博] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +6 YHiw1gou1Eda 2026-11-10 6/300 2026-11-12 10:08 by HajghKOMynmz
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 10:03 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +7 FChKX8meu1ds 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:43 by HajghKOMynmz
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +7 0TEMgxdT1eIw 2026-11-09 9/450 2026-11-12 09:24 by HajghKOMynmz
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +8 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 12/600 2026-11-12 09:21 by HajghKOMynmz
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.5.4,科目全,可+急 +3 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 5/250 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 C6CRn66RYYXS 2026-11-10 6/300 2026-11-12 06:03 by 9fOTqj074tIg
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +6 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-12 05:19 by 9fOTqj074tIg
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 17:03 by TgvkbZZl9tqB
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭