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k1040348263

金虫 (正式写手)

[求助] 想用色谱定量癌细胞中的DNA,但有好多问题不懂,请各位前辈帮帮忙吧,实验做不动了

我想破碎癌细胞,然后定量细胞中的DNA浓度。现在觉得操作有问题,不知得到的DNA是否有损失。首先,我在3000转速(应该不属于小型离心机吧,,个头还挺大,我也不知离心力多少)下,将细胞离心了10分钟,拿出后,离心管的下部有少许白色沉淀,我认为是细胞都离心下来了(不知这时细胞破了吗),然后将培养液吸出,加入了2ml的灭菌水,这时发现水中出现了白色的东西,是细胞膜吗?然后我又在100w的功率下超声了5~6分钟,这时DNA是不是断掉了,那蛋白质与DNA分开了吗?我想将DNA酶解成核苷酸,然后进色谱定量,不知蛋白质或细胞中的其他东西影响吗?不知有没有做过定量细胞中的DNA的,用的什么方法?
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细胞生物学实验经验

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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
k1040348263: 金币+5, ★★★很有帮助, 非常感谢你,亲。 2014-07-03 21:17:56
今天我是来不及回答你怎么多问题,改日给你一个标准protocol,我现在刚开完会,手里没有,一会去聚餐。

超声肯定是能够粉碎细胞、DNA甚至断裂肽键。

至于蛋白质、DNA和其他细胞成分彼此分开和特异性鉴定都有成熟的试验方法,你可以参考有关细胞生物学和分子生物学实验手册。彻底裂解细胞也可以用SDS。蛋白质、DNA都可以用特异性波长的光谱鉴定纯度和浓度。
蛋白质-DNA形成分子复合体当然会影响DNA酶解,这就是蛋白质-DNA相互作用的研究方法保护法或者组激发的基本原理。

“我想将DNA酶解成核苷酸,然后进色谱定量”--------我不懂你这一部实验的目的,如果想定量确定DNA,提纯DNA之后,用紫外光很易确定其浓度。

问题太多,我改日解答贴资料。
2楼2014-07-03 18:47:50
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

★ ★ ★
youlinglyw: 金币+3, 赠人玫瑰手有余香,生物科学有你更精彩! 2014-07-05 02:03:35
从这上面选一个实验方案提取真核细胞的基因组DNA的实验方案。
分子克隆指南上下册,第三版PDF   
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=5864295&fpage=1&target=blank

你这样设计实验没有任何成功的可能。
5楼2014-07-03 23:27:34
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普通回帖

k1040348263

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 18:47:50
今天我是来不及回答你怎么多问题,改日给你一个标准protocol,我现在刚开完会,手里没有,一会去聚餐。

超声肯定是能够粉碎细胞、DNA甚至断裂肽键。

至于蛋白质、DNA和其他细胞成分彼此分开和特异性鉴定都有 ...

别忘了给我一个标准protocol,马上就要放假了,我想快点做实验啊
3楼2014-07-03 21:19:34
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k1040348263

金虫 (正式写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 18:47:50
今天我是来不及回答你怎么多问题,改日给你一个标准protocol,我现在刚开完会,手里没有,一会去聚餐。

超声肯定是能够粉碎细胞、DNA甚至断裂肽键。

至于蛋白质、DNA和其他细胞成分彼此分开和特异性鉴定都有 ...

记得尽快给我一个标准protocol好吗,马上就要放假了,我想快点做实验,快些回家。
4楼2014-07-03 21:22:48
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

至于测定DNA样品的浓度,只要用紫外光-可见光分光光度计即可方便测定,用不着色谱,更不用酶切。我实在不懂你的实验设计的理由是什么?
6楼2014-07-03 23:30:36
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

7楼2014-07-03 23:36:17
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k1040348263

金虫 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by 凌波丽 at 2014-07-03 23:30:36
至于测定DNA样品的浓度,只要用紫外光-可见光分光光度计即可方便测定,用不着色谱,更不用酶切。我实在不懂你的实验设计的理由是什么?

我是想在细胞质这种浑浊体系中直接定量DNA浓度,如果不行,那还是提取出来定量好了。不知医学上有没有在活细胞的情况下,直接用仪器就把浓度测出来了的情况?
8楼2014-07-04 08:17:56
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凌波丽

专家顾问 (知名作家)

引用回帖:
8楼: Originally posted by k1040348263 at 2014-07-04 08:17:56
我是想在细胞质这种浑浊体系中直接定量DNA浓度,如果不行,那还是提取出来定量好了。不知医学上有没有在活细胞的情况下,直接用仪器就把浓度测出来了的情况?...

即使如此,酶切DNA之后是无法测定出DNA浓度的,酶切DNA的反应不可能是100%,是100%,其产物的浓度也不反映原来的DNA浓度。

目前的技术水平,没有你说的可能,虽然活细胞成像技术试图利用生物大分子的本地荧光进行生物大分子检测,但是目前由于背景信号的干扰过于复杂无法有效解析,少数情况例外。
9楼2014-07-04 10:16:03
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pudding9696

无虫 (小有名气)

10楼2014-07-04 14:26:26
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