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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 分子动力学模拟时间的意义?已有4人参与

请问各位:

在分子动力学模拟(MD)中,包括l经典MD,第一性原理MD,量子化学MD。
模拟时间的意义或作用是什么呢?
或者说几百ps到十几ns在计算中大概是依据什么原则划分的呢?
模拟时间与真实的实验时间又是什么关系呢?

谢谢大家了!
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博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

2楼2014-06-13 08:05:12
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by fhh2626 at 2014-06-13 08:17:19
Md中对时间的平均等于系综平均

模拟时间越长,相空间探索越充分,越有可能得到正确结果

请问什么是对系综的平均?
系统本身是一个均匀的系统,平均什么物理量呢?
博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
4楼2014-06-13 10:04:47
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

5楼2014-06-16 08:07:20
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

7楼2014-06-17 08:33:37
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
8楼2014-06-19 11:34:00
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by beeMD at 2014-06-19 13:06:25
积分步长
如5楼所述,分子动力学模拟的时间步长,也即MD中的积分步长,是根据体系中的最小事件发生频率来确定的,一般全原子MD,积分步长是根据体系中的轻原子的振动频率来确定的,对MM MD,例如GROMACS中,积分步 ...

我是做物理和材料的,不是化学和生物。你们的软件BeeMD中有使用与合金体系的原子势吗?
博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
10楼2014-06-20 18:23:15
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
12楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-21 12:29:42
说的直白一点吧,动力学要对计算对象进行抽样统计,然后分析它的性质。模拟的时间越长,搜索到的构象和抽取的构象越多,统计结果更接近真实情况。这就是动力学的意义。你只要记住一点,最后分析的不是某一个时刻的构 ...

是不是模型中原子数越多,模拟时间需要的越多呢?
博观约取、厚积薄发---壁立千仞、无欲则刚
13楼2014-06-22 08:47:42
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ym23

铁杆木虫 (著名写手)

16楼2014-07-10 09:07:41
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