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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 材料区 » 晶体 » 晶体解析 » 请帮我处理A、B 类错误
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)

[求助] 请帮我处理A、B 类错误 已有2人参与

415_ALERT_2_A Short Inter D-H..H-X       H1     ..  H37A    ..       1.77 Ang.
#==============================================================================
097_ALERT_2_B Large Reported Max.  (Positive) Residual Density       3.39 eA-3
415_ALERT_2_B Short Inter D-H..H-X       H6     ..  H38B    ..       1.99 Ang.
#==============================================================================
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1楼 2014-06-09 22:49:03
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forever1706

禁虫 (知名作家)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
第二个错误提示你可能有原子指认错误，第一和第三都是加氢的问题，氢的位置不合理，需要重新加。
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2楼2014-06-10 00:41:56
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
第二个问题是说你可能还有非氢原子未指认，因为最大残峰Q1为3.39，当然，如果这个峰处于重金属原子附近的话就另当别论了，其它的两个问题是说氢原子加的不对，需重新加。
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3楼2014-06-10 08:03:37
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by jackdeng at 2014-06-10 08:03:37
第二个问题是说你可能还有非氢原子未指认，因为最大残峰Q1为3.39，当然，如果这个峰处于重金属原子附近的话就另当别论了，其它的两个问题是说氢原子加的不对，需重新加。

这个峰处于重金属原子附近，因为最大残峰Q1为3.39, 我试着加了C，O一些原子都精修不下。

这两个氢是酚羟基的氢和甲醇的甲基的氢不知怎样加，请你告诉我。
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4楼2014-06-10 08:46:22
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuanxiuzhen at 2014-06-10 08:46:22
这个峰处于重金属原子附近，因为最大残峰Q1为3.39, 我试着加了C，O一些原子都精修不下。

这两个氢是酚羟基的氢和甲醇的甲基的氢不知怎样加，请你告诉我。...

这个峰没有处于重金属原子附近，因为最大残峰Q1为3.39, 我试着加了C，O一些原子都精修不下。

这两个氢是酚羟基的氢和甲醇的甲基的氢不知怎样加，请你告诉我。
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5楼2014-06-10 08:47:53
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
5楼: Originally posted by yuanxiuzhen at 2014-06-10 08:47:53
这个峰没有处于重金属原子附近，因为最大残峰Q1为3.39, 我试着加了C，O一些原子都精修不下。

这两个氢是酚羟基的氢和甲醇的甲基的氢不知怎样加，请你告诉我。...

如果是在重原子附近，那你先看一下离重原子的距离是多少，如果不是合理的金属配位原子键长的话就不用考虑，再者，甲基上的氢是在ins文件中加hfix 137 Cn（n为原子序号），酚羟基上的氢优选DFMP加氢，如果找不到合适的q峰，那就采用理论加，一般是hadd 8 On（n为序号）。
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6楼2014-06-10 13:54:38
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jackdeng at 2014-06-10 13:54:38
如果是在重原子附近，那你先看一下离重原子的距离是多少，如果不是合理的金属配位原子键长的话就不用考虑，再者，甲基上的氢是在ins文件中加hfix 137 Cn（n为原子序号），酚羟基上的氢优选DFMP加氢，如果找不到合适 ...

请您帮我查看氢的位置，按你的方法也加不上。
请帮我处理A、B 类错误
111.png
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7楼2014-06-10 15:27:13
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by jackdeng at 2014-06-10 13:54:38
如果是在重原子附近，那你先看一下离重原子的距离是多少，如果不是合理的金属配位原子键长的话就不用考虑，再者，甲基上的氢是在ins文件中加hfix 137 Cn（n为原子序号），酚羟基上的氢优选DFMP加氢，如果找不到合适 ...

由于对称，有原子连接在一起了。
请帮我处理A、B 类错误-1
3333.png
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8楼2014-06-10 15:32:06
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jackdeng

专家顾问 (著名写手)

【答案】应助回帖

引用回帖:
8楼: Originally posted by yuanxiuzhen at 2014-06-10 15:32:06
由于对称，有原子连接在一起了。

3333.png
...

严重怀疑溶剂分子？？
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9楼2014-06-10 16:07:58
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yuanxiuzhen

银虫 (小有名气)
引用回帖:
9楼: Originally posted by jackdeng at 2014-06-10 16:07:58
严重怀疑溶剂分子？？...

我用PLATON 检测无溶剂分子，是不是对称性原因
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10楼2014-06-10 16:09:37
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