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南方科技大学公共卫生及应急管理学院2026级博士研究生招生报考通知(长期有效)
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

[交流] 【请教】AB类错误,如何解决?请帮忙。已有2人参与

Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   0.844
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       0.84      


Alert level B
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         95 PerFi
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C22    --  C23     ..       7.39 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C30    --  C31     ..       7.85 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C52    --  C53     ..       8.82 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C62    --  C67     ..       8.47 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C70    --  C71     ..       7.68 su   
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C13     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C38     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C52     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C77     
PLAT341_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         20      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW1    ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW2    ...          ?      
PLAT234_ALERT_4_B Large Hirshfeld Difference C37    --  C38     ..       0.26 Ang.
--------------------------------------------------------------------------------

[ Last edited by cjlcjl8592 on 2010-5-20 at 08:25 ]
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huhongfan0926

金虫 (小有名气)

★ ★
cjlcjl8592(金币+1):谢谢参与
wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-05-11 21:40:53
cjlcjl8592(金币+3): 2010-05-11 22:54:37
A类错误可以通过增加精修轮数解决!
B类第一个可能是存在赝对称结构。
后面的可以尝试
delu 0.005 atom1 atom2
2楼2010-05-11 19:55:30
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

wsht212:谢谢交流,希望常来! 2010-05-11 23:12:49
引用回帖:
Originally posted by huhongfan0926 at 2010-05-11 19:55:30:
A类错误可以通过增加精修轮数解决!
B类第一个可能是存在赝对称结构。
后面的可以尝试
delu 0.005 atom1 atom2

我的晶体精修有点不收敛,不知道为什么?所以出现A类错误呀

delu 0.005 atom1 atom2 [/quote]???
我用了如下命令,有问题???
dfix 1.385 0.008 c16 c17 c17 c18 c18 c19 c19 c20 c20 c21 c21 c16
simu c16 c17 c18 c19 c20 c21
delu c16 c17 c18 c19 c20 c21
3楼2010-05-11 23:02:43
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huhongfan0926

金虫 (小有名气)


wsht212(金币+1):谢谢交流,希望常来! 2010-05-13 08:13:13
cjlcjl8592(金币+10): 2010-05-14 08:46:08
cjlcjl8592(金币+5):非常感谢! 2010-05-14 08:46:41
不收敛可能跟你用了太多限制有关系。
你用dfix是固定苯环? 如果是的话直接在苯环原子前加afix 66即可
另外delu 0.005 atom1 atom2用在你B类的Hirshfeld提示错误,可能会有所改善.
4楼2010-05-12 11:17:36
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by huhongfan0926 at 2010-05-12 11:17:36:
不收敛可能跟你用了太多限制有关系。
你用dfix是固定苯环? 如果是的话直接在苯环原子前加afix 66即可
另外delu 0.005 atom1 atom2用在你B类的Hirshfeld提示错误,可能会有所改善.

请问如下b类错误如何解决呢?
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C13     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C38     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C52     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C77     
PLAT341_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         20      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW1    ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW2    ...          ?      
PLAT234_ALERT_4_B Large Hirshfeld Difference C37    --  C38     ..       0.26 Ang.

谢谢赐教!

我用了这样的命令:
DFIX 0.82 0.01 HW1 OW HW2 OW
DANG 1.34 0.01 HW1 HW2
用于固定水上的H,可以吗?

DFIX 1.22 0.005 C01 O01
DFIX 1.51 0.005 C01 C02 C01 C03
FLAT 0.1 C01 C02 C03 O01
用于固定溶剂分子丙酮, 可以吗?

有没有更好的命令???

[ Last edited by cjlcjl8592 on 2010-5-14 at 09:32 ]
5楼2010-05-14 08:47:52
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cjlcjl8592

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by huhongfan0926 at 2010-05-12 11:17:36:
不收敛可能跟你用了太多限制有关系。
你用dfix是固定苯环? 如果是的话直接在苯环原子前加afix 66即可
另外delu 0.005 atom1 atom2用在你B类的Hirshfeld提示错误,可能会有所改善.

我改用afix 66, 结果如下:请问如何解决。(限制条件提示有13个,结果稍好)
Alert level A
SHFSU01_ALERT_2_A  The absolute value of parameter shift to su ratio > 0.20
            Absolute value of the parameter shift to su ratio given   0.935
            Additional refinement cycles may be required.
PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................       0.94      
PLAT241_ALERT_2_A Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C85     


Alert level B
PLAT111_ALERT_2_B ADDSYM Detects (Pseudo) Centre of Symmetry .....         95 PerFi
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C22    --  C23     ..       9.26 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C52    --  C53     ..       7.80 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C62    --  C67     ..      10.42 su   
PLAT230_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff for    C85    --  C86     ..       9.70 su   
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C13     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C38     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C44     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C46     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C52     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C65     
PLAT241_ALERT_2_B Check High      Ueq as Compared to Neighbors for        C77     
PLAT332_ALERT_2_B Large Phenyl C-C Range           C30    -C35           0.26 Ang.
PLAT332_ALERT_2_B Large Phenyl C-C Range           C50    -C55           0.27 Ang.
PLAT341_ALERT_3_B Low Bond Precision on  C-C Bonds (x 1000) Ang ..         20      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW1    ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       OW     -   HW2    ...          ?      
PLAT234_ALERT_4_B Large Hirshfeld Difference C84    --  C85     ..       0.25 Ang.
PLAT731_ALERT_1_B Bond    Calc     1.51(3), Rep    1.504(5) ......       6.00 su-Ra
              C01  -C02     1.555   1.555
6楼2010-05-14 09:58:16
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