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gy786119442

银虫 (小有名气)

[求助] 请各位大侠帮忙解决B类错误!感激不尽!

Alert level B
PLAT223_ALERT_4_B Large Solvent/Anion  H     Ueq(max)/Ueq(min) ...        4.6 Ratio
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O6     -   H6A    ...          ?      
PLAT420_ALERT_2_B D-H Without Acceptor       O6     -   H6B    ...          ?      
PLAT732_ALERT_1_B Angle   Calc     104(11), Rep   104.3(17) ......       6.47 su-Ra
H6A  -O6   -H6B     1.555   1.555   1.555      #          2
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rogersystop

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


感谢参与,应助指数 +1
linhua0402313: 金币+1, 感谢参与回帖交流,欢迎常来晶体板块 2012-09-03 22:04:10
O6上的两个氢加的有问题导致的,考虑重加
2楼2012-09-03 21:31:04
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gy786119442

银虫 (小有名气)

引用回帖:
2楼: Originally posted by rogersystop at 2012-09-03 21:31:04
O6上的两个氢加的有问题导致的,考虑重加

我已经重加过N多次了,但是没什么用!如果修改键角最大是多少?
也就是在ins文件中添加的命令DFIX处该如何编辑?
3楼2012-09-06 16:01:47
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落花2011

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖


linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流,欢迎常来晶体板块 2012-10-15 07:45:28
dfix  0.83 0.01 h6a o6 h6b o6
dfix 1.37 0.01 h6a h6b
4楼2012-10-14 11:01:15
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黄富平

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


linhua0402313: 金币+1, 感谢回帖交流,欢迎常来晶体板块 2012-10-15 07:45:35
这个是由于H原子找不到氢键受体而导致的,可以利用envi命令先找合适的受体原子,然后sgen出相应原子, 将其改成H原子,通过himp命令限制,可以通过健长限制使角度合理,如果H原子容易漂,可通过afix 3固定,不过话说回来,有些O-H也可能本身就没有受体也是常见的。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

渤海之滨,白河之津,巍巍我南开精神
5楼2012-10-14 19:27:32
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心蕊rxr

木虫 (小有名气)

引用回帖:
5楼: Originally posted by 黄富平 at 2012-10-14 19:27:32
这个是由于H原子找不到氢键受体而导致的,可以利用envi命令先找合适的受体原子,然后sgen出相应原子, 将其改成H原子,通过himp命令限制,可以通过健长限制使角度合理,如果H原子容易漂,可通过afix 3固定,不过话说 ...

请问具体是如何运用envi、sgen、himp这些命令呢,多谢!
6楼2013-03-11 16:27:58
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ifent

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

4楼说的很对,首先要看看有没有合适的受体原子,如果没有的话,就不用纠结加氢了。
我解过好几个没有O-H受体的结构。
7楼2013-03-11 16:59:04
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gy786119442

银虫 (小有名气)

送鲜花一朵
引用回帖:
5楼: Originally posted by 黄富平 at 2012-10-14 19:27:32
这个是由于H原子找不到氢键受体而导致的,可以利用envi命令先找合适的受体原子,然后sgen出相应原子, 将其改成H原子,通过himp命令限制,可以通过健长限制使角度合理,如果H原子容易漂,可通过afix 3固定,不过话说 ...

谢谢,我又重新精修的晶体,虽然有同样的问题存在但现在已经不影响了,再次感谢!
8楼2013-03-12 19:24:19
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