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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 基因家族序列分析
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纸鸢花

金虫 (正式写手)

[求助] 基因家族序列分析 已有1人参与

老师留的题，丝毫没有思路，特求大家帮忙，根据自己的兴趣，进行一个基因检索，找出该基因在某物种中拥有多少家族成员，进行家族成员的序列比对，找出可变区，设计出对该基因进行RT-PCR表达分析的PCR引物。想要详细思路
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每天动一动，收点金币就行了
1楼 2014-06-09 18:20:45
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混合配搭

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by liug268 at 2014-06-09 23:01:28
完全是在锻炼NCBI的使用能力。
去NCBI找一个基因，建议别找太热门的基因（比如珠蛋白家族），不然家族太大同源基因太多你弄不过来。
查到基因后，找到它的同源基因（NCBI中有同源基因的信息），然后对蛋白序列进行 ...

我也不太懂，怎么看它的同源信息啊？就是百分数高的吗？
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3楼2015-04-15 08:07:43
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liug268

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
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纸鸢花: 金币+5, ★★★很有帮助 2014-06-17 09:48:08
完全是在锻炼NCBI的使用能力。
去NCBI找一个基因，建议别找太热门的基因（比如珠蛋白家族），不然家族太大同源基因太多你弄不过来。
查到基因后，找到它的同源基因（NCBI中有同源基因的信息），然后对蛋白序列进行比对，不保守的区域就是可变区。
RT PCR的引物一般在可变区跨外显子设计，设计时注意避免引物二聚体即可
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2楼2014-06-09 23:01:28
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