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MichaelC木虫 (小有名气)
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新手求助晶体checkcif各类错误解决方法 已有1人参与
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Alert level A PLAT770_ALERT_2_A Suspect C-H Bond in CIF: C13' -- H5A .. 1.44 Ang. ________________________________________ Alert level C PLAT094_ALERT_2_C Ratio of Maximum / Minimum Residual Density .... 2.32 Why ? PLAT341_ALERT_3_C Low Bond Precision on C-C Bonds ............... 0.0066 Ang. ________________________________________ Alert level G PLAT002_ALERT_2_G Number of Distance or Angle Restraints on AtSite 4 Note PLAT003_ALERT_2_G Number of Uiso or Uij Restrained non-H Atoms ... 4 Why ? PLAT005_ALERT_5_G No _iucr_refine_instructions_details in the CIF Please Do ! PLAT007_ALERT_5_G Number of Unrefined Donor-H Atoms .............. 7 Why ? PLAT045_ALERT_1_G Calculated and Reported Z Differ by ............ 0.25 Ratio PLAT072_ALERT_2_G SHELXL First Parameter in WGHT Unusually Large. 0.10 Why ? PLAT093_ALERT_1_G No su's on H-positions, refinement reported as . mixed PLAT302_ALERT_4_G Anion/Solvent Disorder ............ Percentage = 100 Note PLAT710_ALERT_4_G Delete 1-2-3 or 2-3-4 Linear Torsion Angle ... # 32 Do ! N1 -CU1 -N1 -C1 -131.70 0.40 2.556 1.555 1.555 1.555 PLAT710_ALERT_4_G Delete 1-2-3 or 2-3-4 Linear Torsion Angle ... # 36 Do ! N1 -CU1 -N1 -C12 44.40 0.30 2.556 1.555 1.555 1.555 PLAT794_ALERT_5_G Tentative Bond Valency for Cu1 (II) ..... 2.04 Note PLAT860_ALERT_3_G Number of Least-Squares Restraints ............. 26 Note a类错误是不是可以通过加氢键后解决？这个结构还没有加入氢键。 c类错误就完全没有头绪了。。。 有没有大神帮忙解决下，不胜感激！  |
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jackdeng
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3楼2014-06-09 11:13:10
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感谢参与，应助指数 +1
MichaelC: 金币+50, 谢谢大神 我想请教一下：什么样的G类错误需要处理？什么样的不用管啊？ 2014-06-09 09:42:50
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MichaelC: 金币+50, 谢谢大神 我想请教一下：什么样的G类错误需要处理？什么样的不用管啊？ 2014-06-09 09:42:50
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看来你的这个结构中存在无序的组分，A类错误是无序的C与另一个C上的H之间的距离过近，你可以在cif文件的键长部分找到这个键，然后删掉就行了； C类错误第一个说的是你最大和最小残余密度峰的比值过大，这个你要看一下结构中是否还存在着较大的Q峰，如果该Q峰处于重原子附近且与重原子间的距离比较近，那就可以解释这个问题了，第二个问题是C-C键精度过低，这是晶体本身造成的，没有办法解决，不过好在是在C类错误中，无需处理； G类错误中有几个是需要处理的：第一个 PLAT045_ALERT_1_G Calculated and Reported Z Differ by ............ 0.25 Ratio ，解决办法是用checkcif报告中calculate一列中的Z值替换你res文件中的z值，然后精修就可以了， 第二个 PLAT093_ALERT_1_G No su's on H-positions, refinement reported as . mixed ，解决办法是将cif文件中的_refine_ls_hydrogen_treatment 后的mixed改成constr就可以了， 第三个是在cif文件扭角部分找到与G类错中提到的相应角度，然后删除就可以了。其他G类错误可以不用处理。 |
2楼2014-06-07 12:48:39