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赵红霞

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[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件，求推荐已有1人参与

如题，我想模拟溶液环境（H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等）对聚合物构象的影响，聚合物挺大的，有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O，100个Na+，100个Cl-的盒子，再把聚合物片段放进去，用NVT跑动力学

可是，算的好慢啊，而且只是取了聚合物的片段，准确性还有待考证，请问各位大侠，有没有好的建议？

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1楼 2014-06-05 14:35:00

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qianxiong

铜虫 (小有名气)

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【答案】应助回帖

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赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-06-05 15:52:29
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:45:01

gromacs会比较快，但需要自己建力场。
我用GMX在16个核（intel，2.2G ）的服务器，11万原子数的体系，charmm力场，cutoff 为 1nm， PME处理长程静电力，一天可以跑7-8ns左右

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戒微博

2楼2014-06-05 14:48:15

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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

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2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快，但需要自己建力场。
我用GMX在16个核（intel，2.2G ）的服务器，11万原子数的体系，charmm力场，cutoff 为 1nm， PME处理长程静电力，一天可以跑7-8ns左右

请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型？

你也是自己建的力场吗？我没有自己建过力场，难学吗？

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3楼2014-06-05 14:50:47

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