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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件,求推荐 已有1人参与

如题,我想模拟溶液环境(H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等)对聚合物构象的影响,聚合物挺大的,有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O,100个Na+,100个Cl-的盒子,再把聚合物片段放进去,用NVT跑动力学

可是,算的好慢啊,而且只是取了聚合物的片段,准确性还有待考证,请问各位大侠,有没有好的建议?
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-06-05 15:52:29
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:01
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右
戒微博
2楼2014-06-05 14:48:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右

请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?
3楼2014-06-05 14:50:47
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 14:50:47
请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?...

http://www.docin.com/p-767742346.html

你看看这个文章
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#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-06-05 15:35:30
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:13
http://wenku.baidu.com/link?url= ... EMOEjVd-bXcSBzNgIhm

DPD我不太懂,这里有用blend模块获得DPD参数的方法
#有问题发论坛,不接受私聊#爱晶体,爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
5楼2014-06-05 15:37:14
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qianxiong

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 14:50:47
请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?...

全原子。
聚合物也是由基本单元组成,建力场也不算太麻烦
戒微博
6楼2014-06-05 15:50:55
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-05 15:35:30
http://www.docin.com/p-767742346.html

你看看这个文章
在找找DPD模拟的相关文章
或许能满足你的要求...

多谢
7楼2014-06-05 15:53:56
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 15:50:55
全原子。
聚合物也是由基本单元组成,建力场也不算太麻烦...

能提供一些建力场的材料吗?
8楼2014-06-05 15:56:20
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qianxiong

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:24
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 15:56:20
能提供一些建力场的材料吗?...

我是直接看GMX manual。
你的聚合物是什么?你可以看看文献是否有类似的研究。
MS能导出力场参数?
戒微博
9楼2014-06-05 16:07:27
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右

11万个原子,你是把整个聚合物给建出来了吗?而且是全原子的?我要算的聚合物也就3000多个原子吧,我想全部建出来,这样才能看它的构象变化,不知道Gromacx可以算么?可以算溶液对它构象的影响么?
10楼2014-06-12 16:37:03
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