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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件,求推荐 已有1人参与

如题,我想模拟溶液环境(H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等)对聚合物构象的影响,聚合物挺大的,有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O,100个Na+,100个Cl-的盒子,再把聚合物片段放进去,用NVT跑动力学

可是,算的好慢啊,而且只是取了聚合物的片段,准确性还有待考证,请问各位大侠,有没有好的建议?
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
4楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-05 15:35:30
http://www.docin.com/p-767742346.html

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多谢
7楼2014-06-05 15:53:56
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与,应助指数 +1
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-06-05 15:52:29
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:01
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右
戒微博
2楼2014-06-05 14:48:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右

请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?
3楼2014-06-05 14:50:47
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪

★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 14:50:47
请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?...

http://www.docin.com/p-767742346.html

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4楼2014-06-05 15:35:30
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