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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件,求推荐已有1人参与

如题,我想模拟溶液环境(H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等)对聚合物构象的影响,聚合物挺大的,有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O,100个Na+,100个Cl-的盒子,再把聚合物片段放进去,用NVT跑动力学

可是,算的好慢啊,而且只是取了聚合物的片段,准确性还有待考证,请问各位大侠,有没有好的建议?
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

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感谢参与,应助指数 +1
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-06-05 15:52:29
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:01
gromacs会比较快,但需要自己建力场。
我用GMX在16个核(intel,2.2G )的服务器,11万原子数的体系,charmm力场,cutoff 为 1nm, PME处理长程静电力,一天可以跑7-8ns左右
戒微博
2楼2014-06-05 14:48:15
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qianxiong

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:19
引用回帖:
3楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 14:50:47
请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型?

你也是自己建的力场吗?我没有自己建过力场,难学吗?...

全原子。
聚合物也是由基本单元组成,建力场也不算太麻烦
戒微博
6楼2014-06-05 15:50:55
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qianxiong

铜虫 (小有名气)


月只蓝: 金币+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:24
引用回帖:
8楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 15:56:20
能提供一些建力场的材料吗?...

我是直接看GMX manual。
你的聚合物是什么?你可以看看文献是否有类似的研究。
MS能导出力场参数?
戒微博
9楼2014-06-05 16:07:27
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖


月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流! 2014-06-17 15:45:35
11万是整个体系的,全原子的。
gromacs自带的力场主要是针对生物分子,其它的聚合物你需要自建力场,你可以找找文献。
戒微博
11楼2014-06-12 18:41:47
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