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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 溶液离子与聚合物相互作用的软件，求推荐
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件，求推荐 已有1人参与

如题，我想模拟溶液环境（H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等）对聚合物构象的影响，聚合物挺大的，有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O，100个Na+，100个Cl-的盒子，再把聚合物片段放进去，用NVT跑动力学

可是，算的好慢啊，而且只是取了聚合物的片段，准确性还有待考证，请问各位大侠，有没有好的建议？
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1楼 2014-06-05 14:35:00
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★
月只蓝: 金币+1, 应助指数+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:45:35
11万是整个体系的，全原子的。
gromacs自带的力场主要是针对生物分子，其它的聚合物你需要自建力场，你可以找找文献。
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11楼2014-06-12 18:41:47
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qianxiong

铜虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
赵红霞: 金币+20, ★★★★★最佳答案 2014-06-05 15:52:29
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:45:01
gromacs会比较快，但需要自己建力场。
我用GMX在16个核（intel，2.2G ）的服务器，11万原子数的体系，charmm力场，cutoff 为 1nm， PME处理长程静电力，一天可以跑7-8ns左右
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戒微博
2楼2014-06-05 14:48:15
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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快，但需要自己建力场。
我用GMX在16个核（intel，2.2G ）的服务器，11万原子数的体系，charmm力场，cutoff 为 1nm， PME处理长程静电力，一天可以跑7-8ns左右

请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型？

你也是自己建的力场吗？我没有自己建过力场，难学吗？
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3楼2014-06-05 14:50:47
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★ ★
月只蓝: 金币+2, 鼓励交流！ 2014-06-17 15:45:06
引用回帖:
3楼: Originally posted by 赵红霞 at 2014-06-05 14:50:47
请问你算的是全原子模型还是粗粒化模型？

你也是自己建的力场吗？我没有自己建过力场，难学吗？...

http://www.docin.com/p-767742346.html

你看看这个文章
在找找DPD模拟的相关文章
或许能满足你的要求
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-06-05 15:35:30
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