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赵红霞

铁杆木虫 (著名写手)

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[求助] 溶液离子与聚合物相互作用的软件，求推荐已有1人参与

如题，我想模拟溶液环境（H2O、Na+、K+、Ca2+、Cl-等等）对聚合物构象的影响，聚合物挺大的，有3~4万分子量

首先我用MS中的 Amorphous Cell建里包含2000个H2O，100个Na+，100个Cl-的盒子，再把聚合物片段放进去，用NVT跑动力学

可是，算的好慢啊，而且只是取了聚合物的片段，准确性还有待考证，请问各位大侠，有没有好的建议？

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1楼2014-06-05 14:35:00

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赵红霞

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引用回帖:

2楼: Originally posted by qianxiong at 2014-06-05 14:48:15
gromacs会比较快，但需要自己建力场。
我用GMX在16个核（intel，2.2G ）的服务器，11万原子数的体系，charmm力场，cutoff 为 1nm， PME处理长程静电力，一天可以跑7-8ns左右

11万个原子，你是把整个聚合物给建出来了吗？而且是全原子的？我要算的聚合物也就3000多个原子吧，我想全部建出来，这样才能看它的构象变化，不知道Gromacx可以算么？可以算溶液对它构象的影响么？