应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的
81/1返回列表
查看: 2342  |  回复: 7
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的 已有1人参与

如题，请问各位是用什么软件分析microRNA的差异表达的？
还有，p值是怎么（用什么软件）计算的呢？
请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的

谢谢！
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-06-04 22:06:15
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
自己顶一下，求大神帮助！
回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
2楼2014-06-09 08:58:34
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
你要分析的数据是什么数据，芯片表达数据还是其他的数据？
赞一下 回复此楼
3楼2014-06-21 10:28:07
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by scybhmu老谭 at 2014-06-21 10:28:07
你要分析的数据是什么数据，芯片表达数据还是其他的数据？

二代测序的数据，文献里很少注明差异分析所用的软件
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
4楼2014-06-21 11:09:48
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
★
yuehedou(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-21 19:37:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuehedou at 2014-06-21 11:09:48
二代测序的数据，文献里很少注明差异分析所用的软件...

分析差异表达的软件应该很多的，具体的我没用过，也不是很清楚，但是如果是芯片数据的话，提供数据的site都会有分析工具的，只不过没有专业的分析工具好而已，你也可以在下载数据的地方问问。
赞一下 回复此楼
5楼2014-06-21 13:29:52
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by scybhmu老谭 at 2014-06-21 13:29:52
分析差异表达的软件应该很多的，具体的我没用过，也不是很清楚，但是如果是芯片数据的话，提供数据的site都会有分析工具的，只不过没有专业的分析工具好而已，你也可以在下载数据的地方问问。...

是自己测序得到的数据，主要是不会计算那个p值，一般的方法计算时，像比较大的数，如300！，就会溢出而无法计算
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
6楼2014-06-21 22:21:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
yuehedou: 金币+2, ★有帮助, 谢谢关注，欢迎交流 2014-06-25 09:22:06
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的，不要你操心。
赞一下 回复此楼
7楼2014-06-24 09:07:43
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by growlywolf at 2014-06-24 09:07:43
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的，不要你操心。

我用DESeq算了一下，给出了p值，但不知道它是怎么计算的，没在manual中看到说明；这个p值普遍偏大。
赞一下 回复此楼
每天都为自己的无知而羞耻！
8楼2014-06-25 09:21:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 yuehedou 的主题更新
81/1返回列表
普通表情 龙 兔 虎 猫
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[硕博家园] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 hNpp4Y2CGvSC 2026-11-04 13/650 2026-11-11 09:22 by Equinoxhua
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 czAiolzR0IJC 2026-11-10 3/150 2026-11-11 09:07 by 1Nb0IVlmV6v0
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 11/550 2026-11-11 08:54 by Equinoxhua
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 G2rhSvqvhNzl 2026-11-10 4/200 2026-11-11 08:34 by 1Nb0IVlmV6v0
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 07:08 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 07:06 by Z7qfCsdIiD1T
[基金申请] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 4/200 2026-11-11 06:57 by Z7qfCsdIiD1T
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 FChKX8meu1ds 2026-11-09 9/450 2026-11-11 04:54 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 5/250 2026-11-11 04:29 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 6/300 2026-11-11 04:12 by Z7qfCsdIiD1T
[硕博家园] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +3 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 03:56 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:32 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 cqv1zKnzd7hr 2026-11-09 5/250 2026-11-11 01:24 by Z7qfCsdIiD1T
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +4 zSbvVX9JFl9J 2026-11-09 6/300 2026-11-11 01:02 by Z7qfCsdIiD1T
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可伽急 +3 FChKX8meu1ds 2026-11-09 4/200 2026-11-10 22:39 by Z7qfCsdIiD1T
[考博] 申请环境，微生物方向博士 +3 浅笑09 2026-11-08 3/150 2026-11-10 12:44 by 可淡不可忘
[考研] 售SCI文章，我:8O.5.5.1O.54,科目全,可十急 +6 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 14/700 2026-11-09 11:52 by GwrQVVR6Oenx
[硕博家园] 售SCI一区文章，我:8O5.5.1.O5.4,科目全,可伽急 +4 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 10/500 2026-11-09 08:00 by IhnEQauGmT3K
[考研] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +3 5sJFDKp2kwuI 2026-11-06 12/600 2026-11-09 06:32 by l48hFd8Nwae2
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ttH3f1oA6ace 2026-11-04 10/500 2026-11-06 16:12 by 5sJFDKp2kwuI
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭