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请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的
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yuehedou
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请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的
已有1人参与
如题,请问各位是用什么软件分析microRNA的差异表达的?
还有,p值是怎么(用什么软件)计算的呢?
谢谢!
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2014-06-04 22:06:15
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你要分析的数据是什么数据,芯片表达数据还是其他的数据?
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2014-06-21 10:28:07
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3楼
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Originally posted by
scybhmu老谭
at 2014-06-21 10:28:07
你要分析的数据是什么数据,芯片表达数据还是其他的数据?
二代测序的数据,文献里很少注明差异分析所用的软件
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4楼
2014-06-21 11:09:48
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yuehedou(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流
2014-06-21 19:37:01
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4楼
:
Originally posted by
yuehedou
at 2014-06-21 11:09:48
二代测序的数据,文献里很少注明差异分析所用的软件...
分析差异表达的软件应该很多的,具体的我没用过,也不是很清楚,但是如果是芯片数据的话,提供数据的site都会有分析工具的,只不过没有专业的分析工具好而已,你也可以在下载数据的地方问问。
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2014-06-21 13:29:52
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5楼
:
Originally posted by
scybhmu老谭
at 2014-06-21 13:29:52
分析差异表达的软件应该很多的,具体的我没用过,也不是很清楚,但是如果是芯片数据的话,提供数据的site都会有分析工具的,只不过没有专业的分析工具好而已,你也可以在下载数据的地方问问。...
是自己测序得到的数据,主要是不会计算那个p值,一般的方法计算时,像比较大的数,如300!,就会溢出而无法计算
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6楼
2014-06-21 22:21:44
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有帮助, 谢谢关注,欢迎交流
2014-06-25 09:22:06
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的,不要你操心。
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7楼
2014-06-24 09:07:43
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7楼
:
Originally posted by
growlywolf
at 2014-06-24 09:07:43
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的,不要你操心。
我用DESeq算了一下,给出了p值,但不知道它是怎么计算的,没在manual中看到说明;这个p值普遍偏大。
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8楼
2014-06-25 09:21:09
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