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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

[求助] 哪位大虾有分析基因表达差异的软件啊？

各位大侠，我通过RT-PCR做的基因表达，然后跑的凝胶电泳，现在想求一个软件能分析跑出来的条带的表达差异，哪位大虾知道啊？希望能不吝赐教啊，非常感谢啊
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1楼 2011-04-21 15:39:58
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)
我自己先顶一个
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2楼2011-04-21 15:40:23
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1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川
友情帮顶
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海纳百川止于至善
3楼2011-04-21 15:49:53
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
你看看拍照的仪器有没有附带相应的软件。一般都有的。
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4楼2011-04-21 17:02:22
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)
我们实验室的没有，就是一般的凝胶成像仪
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5楼2011-04-21 21:11:09
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-21 21:44:51
你可以下载这个免费的 ImageJ：
http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
在里面选择与你的操作系统对应的软件，一般是32位的Windows吧：
http://rsbweb.nih.gov/ij/download/win32/ij144-jdk6-setup.exe

1.下载安装之后，打开软件，点击 File>Open，打开你要分析的图片；
2.点击工具栏最左边的矩形工具（Rectangular），然后框出要分析的条带；
按Ctrl+M（或者点击菜单栏Analyze>Measure），打开测量的Results窗口，里面的Area，Mean，Min，Max依次是面积，灰度平均值，灰度最小值，灰度最大值。其中的Mean就是你需要的。
3.可以放大或缩小图片：点击工具栏的放大镜图标，鼠标左键点击图片放大，右击缩小。
4.测完一个条带，再框出另一条条带，按Ctrl+M，又得到新的值。重复操作直到所有条带都分析完。结果都显示在Results窗口。
5.Results窗口的数据可以Clear，或者Copy出来，这些就不细说了吧！

说明：条带越白，数值越大，纯黑是0，纯白是255，这个适用于DNA琼脂糖凝胶电泳（黑色背景，白色条带）；如果是蛋白质的SDS-PAGE（背景是白色，条带是黑色），这时只需要用255减去测得的Mean值就ok了。



这个软件是免费、开源的，有很多插件可以下载，功能很强大滴。有兴趣多多研究吧。
http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/index.html

[ Last edited by 西瓜 on 2011-4-21 at 21:30 ]
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6楼2011-04-21 21:27:25
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)
哇~~楼上的你真好，太谢谢了，星星眼啊
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7楼2011-04-21 22:29:59
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nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 溪儿维娅 at 2011-04-21 15:39:58:
各位大侠，我通过RT-PCR做的基因表达，然后跑的凝胶电泳，现在想求一个软件能分析跑出来的条带的表达差异，哪位大虾知道啊？希望能不吝赐教啊，非常感谢啊

用拍照然后分析条带亮度的方法不是太靠谱，建议qPCR
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生活是美好的
8楼2011-04-21 23:23:47
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西瓜

荣誉版主 (知名作家)
这个叫做半定量，也有很多人用的啦~如果表达量差异足够大，是可以得到可靠结果的。
qPCR需要专门的PCR仪和耗材，成本比较高。这种半定量做起来更便宜，如果对定量要求不高，用半定量就可以啦。
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9楼2011-04-21 23:27:58
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溪儿维娅

铜虫 (小有名气)
是啊，我们一般都是用的半定量的，差异很大啊，要不然就不会做了
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10楼2011-04-21 23:44:57
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