24小时热门版块排行榜    

CyRhmU.jpeg
查看: 2564  |  回复: 11
本帖产生 1 个 MolEPI ,点击这里进行查看

溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

[求助] 哪位大虾有分析基因表达差异的软件啊?

各位大侠,我通过RT-PCR做的基因表达,然后跑的凝胶电泳,现在想求一个软件能分析跑出来的条带的表达差异,哪位大虾知道啊?希望能不吝赐教啊,非常感谢啊
回复此楼
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

我自己先顶一个
2楼2011-04-21 15:40:23
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

1949stone

荣誉版主 (知名作家)

海纳百川

友情帮顶
海纳百川止于至善
3楼2011-04-21 15:49:53
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

你看看拍照的仪器有没有附带相应的软件。一般都有的。
4楼2011-04-21 17:02:22
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

我们实验室的没有,就是一般的凝胶成像仪
5楼2011-04-21 21:11:09
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★
dhd997(金币+6, EPI+1): good 2011-04-21 21:44:51
你可以下载这个免费的 ImageJ:
http://rsbweb.nih.gov/ij/download.html
在里面选择与你的操作系统对应的软件,一般是32位的Windows吧:
http://rsbweb.nih.gov/ij/download/win32/ij144-jdk6-setup.exe

1.下载安装之后,打开软件,点击 File>Open,打开你要分析的图片;
2.点击工具栏最左边的矩形工具(Rectangular),然后框出要分析的条带;
按Ctrl+M(或者点击菜单栏Analyze>Measure),打开测量的Results窗口,里面的Area,Mean,Min,Max依次是面积,灰度平均值,灰度最小值,灰度最大值。其中的Mean就是你需要的。
3.可以放大或缩小图片:点击工具栏的放大镜图标,鼠标左键点击图片放大,右击缩小。
4.测完一个条带,再框出另一条条带,按Ctrl+M,又得到新的值。重复操作直到所有条带都分析完。结果都显示在Results窗口。
5.Results窗口的数据可以Clear,或者Copy出来,这些就不细说了吧!

说明:条带越白,数值越大,纯黑是0,纯白是255,这个适用于DNA琼脂糖凝胶电泳(黑色背景,白色条带);如果是蛋白质的SDS-PAGE(背景是白色,条带是黑色),这时只需要用255减去测得的Mean值就ok了。



这个软件是免费、开源的,有很多插件可以下载,功能很强大滴。有兴趣多多研究吧。
http://rsbweb.nih.gov/ij/plugins/index.html

[ Last edited by 西瓜 on 2011-4-21 at 21:30 ]
6楼2011-04-21 21:27:25
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

哇~~楼上的你真好,太谢谢了,星星眼啊
7楼2011-04-21 22:29:59
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

nuoyaeva

铁杆木虫 (正式写手)

引用回帖:
Originally posted by 溪儿维娅 at 2011-04-21 15:39:58:
各位大侠,我通过RT-PCR做的基因表达,然后跑的凝胶电泳,现在想求一个软件能分析跑出来的条带的表达差异,哪位大虾知道啊?希望能不吝赐教啊,非常感谢啊

用拍照然后分析条带亮度的方法不是太靠谱,建议qPCR
生活是美好的
8楼2011-04-21 23:23:47
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

西瓜

荣誉版主 (知名作家)

这个叫做半定量,也有很多人用的啦~如果表达量差异足够大,是可以得到可靠结果的。
qPCR需要专门的PCR仪和耗材,成本比较高。这种半定量做起来更便宜,如果对定量要求不高,用半定量就可以啦。
9楼2011-04-21 23:27:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

溪儿维娅

铜虫 (小有名气)

是啊,我们一般都是用的半定量的,差异很大啊,要不然就不会做了
10楼2011-04-21 23:44:57
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 溪儿维娅 的主题更新
信息提示
请填处理意见