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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问大家分析抗性基因（或差异表达基因等相关的）的方法有哪些？比如DNA微阵列。。。
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hc1027

木虫 (正式写手)

[求助] 请问大家分析抗性基因（或差异表达基因等相关的）的方法有哪些？比如DNA微阵列。。。

想了解下分析或筛选抗性基因（或差异表达基因等相关的）的方法有哪些？以及优缺点？谢谢大家！ 请大家针对自己所知道的谈谈吧，做过的话谈谈难易程度及分享下实验心得感想吧。

我知道的有：
DNA微阵列、cDNA-AFLP、抑制消减杂交法SSH等

请问大家目前什么方法比较公认的呢？
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1楼 2012-01-17 18:46:14
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回帖置顶 ( 共有1个 )

hc1027

木虫 (正式写手)
西瓜: 回帖置顶 2012-01-19 18:20:43
引用回帖:
2楼: Originally posted by liugs at 2012-01-18 08:54:21:
可以先对有抗性的和没有抗性的进行杂交，杂交子代中进行检测是否具有抗性，分离比例是多少，确定该抗性基因的显隐关系，判断是单基因还是多基因控制，最后可以选择基因组AFLP进行图位克隆！

首先感谢您的热心回复。

因为接触这方面比较少，关于真菌抗性基因的筛选我目前看到的文献大多是关于cDNA-AFLP、DNA 微阵列的、其他的了解不多。
我的知识也是主要来自于文献的阅读，看过好些篇用上述方法分析菌的抗性基因的，所以就按照他们的方法照着做。而对你上面讲的杂交、显隐关系论文没见过（至少看出你很专业了，我专业不是学这个的，请见谅），但是觉得你的分析很有道理。能否提供几篇关于你说的方法的论文呢？最好是权威的、英文的。
此外弱弱的问下：
1、对于抗性菌和非抗性菌，cDNA-AFLP获得的差异表达基因（TDF），也只能确定TDF是胁迫下的结果（可能很多个），也不能确定具体是哪个基因决定这种抗性，对吧？
2、然后应该怎么做才能确定是哪个基因决定抗性呢？基因敲除？还是有其他的？
图位克隆能解决这个问题吗？难度以及工作量如何？


O(∩_∩)O谢谢     祝新年愉快，阖家幸福！
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5楼2012-01-19 09:56:11
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liugs

禁虫 (正式写手)
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
西瓜(金币+3): Good！ 2012-01-18 19:02:32
hc1027(金币+18): ★★★很有帮助 非常感谢，新年快乐 2012-01-19 09:34:06
本帖内容被屏蔽
2楼2012-01-18 08:54:21
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hc1027

木虫 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by hyhl at 2012-01-18 09:54:32:
据我不多的了解，你说的几种方法应该是现在比较公认的，另外，不知道你有没有看到定量PCR用于你所说的研究目的的。

定量PCR 主要是用于后续得到的差异表达基因的研究。
你知道基因敲除吗
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4楼2012-01-19 09:37:41
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henrylee223

新虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
感谢参与，应助指数 +1
hc1027(金币+10): ★★★很有帮助 谢谢 2012-01-20 08:42:15
西瓜(金币+2): 鼓励应助 2012-01-20 14:08:55
高通量转录组分析可以试一下，不过还是存在确定哪个差异表达基因决定抗性的问题。抗病基因的精细定位和图位克隆最可靠，但是需要时间，技术要求比较高
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6楼2012-01-20 00:16:44
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普通回帖

hyhl

铁杆木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

感谢参与，应助指数 +1
hc1027(金币+5): ★有帮助 谢谢 2012-01-19 09:36:29
据我不多的了解，你说的几种方法应该是现在比较公认的，另外，不知道你有没有看到定量PCR用于你所说的研究目的的。
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3楼2012-01-18 09:54:32
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hc1027

木虫 (正式写手)
引用回帖:
6楼: Originally posted by henrylee223 at 2012-01-20 00:16:44:
高通量转录组分析可以试一下，不过还是存在确定哪个差异表达基因决定抗性的问题。抗病基因的精细定位和图位克隆最可靠，但是需要时间，技术要求比较高

我看了下图位克隆法的步骤，确实很高深。。。
请问下：除了图位克隆，还有别的没？基因敲除能行否？据说还有过表达？谢谢
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7楼2012-01-20 08:46:22
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hyhl

铁杆木虫 (小有名气)
引用回帖:
4楼: Originally posted by hc1027 at 2012-01-19 09:37:41:
定量PCR 主要是用于后续得到的差异表达基因的研究。
你知道基因敲除吗

抱歉，我是做病毒的，基因敲除在病毒中相对比较简单，对比较复杂的基因组，我的所知就太有限了！
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8楼2012-01-20 10:27:50
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susanhen

铁虫 (初入文坛)

【答案】应助回帖

引用回帖:
2楼: Originally posted by liugs at 2012-01-18 08:54:21
可以先对有抗性的和没有抗性的进行杂交，杂交子代中进行检测是否具有抗性，分离比例是多少，确定该抗性基因的显隐关系，判断是单基因还是多基因控制，最后可以选择基因组AFLP进行图位克隆！

你好，我也是做遗传育种方向的，想请教楼上的，用有抗性和无抗性材料杂交的时候，抗性材料有要求必须是高抗么？中抗或者抗性材料可以么？
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9楼2012-07-04 22:12:51
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xiaopangge

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
6楼: Originally posted by henrylee223 at 2012-01-20 00:16:44
高通量转录组分析可以试一下，不过还是存在确定哪个差异表达基因决定抗性的问题。抗病基因的精细定位和图位克隆最可靠，但是需要时间，技术要求比较高

楼主说的方法应该都是90年代发明的，高通量测序比较新。请问对CDNA-AFLP和高通量转录组分析有什么看法？cDNA-AFLP是不是有点过时了？高通量转录组能不能替代它？请指点！！
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10楼2012-12-22 10:37:21
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