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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 生物信息 » 请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的
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yuehedou

木虫 (小有名气)

[求助] 请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的 已有1人参与

如题，请问各位是用什么软件分析microRNA的差异表达的？
还有，p值是怎么（用什么软件）计算的呢？
请问前辈们是用什么软件分析microRNA的差异表达的

谢谢！
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每天都为自己的无知而羞耻！
1楼 2014-06-04 22:06:15
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yuehedou

木虫 (小有名气)
自己顶一下，求大神帮助！
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每天都为自己的无知而羞耻！
2楼2014-06-09 08:58:34
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scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
你要分析的数据是什么数据，芯片表达数据还是其他的数据？
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3楼2014-06-21 10:28:07
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by scybhmu老谭 at 2014-06-21 10:28:07
你要分析的数据是什么数据，芯片表达数据还是其他的数据？

二代测序的数据，文献里很少注明差异分析所用的软件
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每天都为自己的无知而羞耻！
4楼2014-06-21 11:09:48
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scybhmu老谭

木虫 (小有名气)
★
yuehedou(西门吹雪170代发): 金币+1, 鼓励回帖交流 2014-06-21 19:37:01
引用回帖:
4楼: Originally posted by yuehedou at 2014-06-21 11:09:48
二代测序的数据，文献里很少注明差异分析所用的软件...

分析差异表达的软件应该很多的，具体的我没用过，也不是很清楚，但是如果是芯片数据的话，提供数据的site都会有分析工具的，只不过没有专业的分析工具好而已，你也可以在下载数据的地方问问。
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5楼2014-06-21 13:29:52
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
5楼: Originally posted by scybhmu老谭 at 2014-06-21 13:29:52
分析差异表达的软件应该很多的，具体的我没用过，也不是很清楚，但是如果是芯片数据的话，提供数据的site都会有分析工具的，只不过没有专业的分析工具好而已，你也可以在下载数据的地方问问。...

是自己测序得到的数据，主要是不会计算那个p值，一般的方法计算时，像比较大的数，如300！，就会溢出而无法计算
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每天都为自己的无知而羞耻！
6楼2014-06-21 22:21:44
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growlywolf

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

★ ★
yuehedou: 金币+2, ★有帮助, 谢谢关注，欢迎交流 2014-06-25 09:22:06
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的，不要你操心。
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7楼2014-06-24 09:07:43
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yuehedou

木虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by growlywolf at 2014-06-24 09:07:43
用bioconductor的edgeR就可以吧。P值一般都是软件自己算的，不要你操心。

我用DESeq算了一下，给出了p值，但不知道它是怎么计算的，没在manual中看到说明；这个p值普遍偏大。
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8楼2014-06-25 09:21:09
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