| 查看: 1534 | 回复: 0 | |||
416158716金虫 (小有名气)
|
[求助]
求教：关于同源建模PBD蛋白结构问题
|
|
论坛的各位大神，小弟属于同源建模的新手，现在有遇到很多问题，求高手指点指点。 1、希望进行一个人的P-gp蛋白的建模，现在分析同源性最高的鼠源P-gp，取其做单模板建模，但是分析从PDB下载的结构文件发现，蛋白的结构序列有缺失，但是从DS中读取protein report发现有提供相关的氨基酸序列，问题：在同源建模前要不要在蛋白的原序列补全缺失的氨基酸，以此作为模板？ 2、P-gp作为一个蛋白二聚体结构，而查到的人源P-gp序列只有单个结构序列，因此只选取其中一个结构作为模板，现在有个问题是前期的摸索中，使用了常用的在线建模网站SWISS，或者easymodeller，或者直接使用DS进行建模时，做法都是跟着教程。发现以A链为同源模建为模板时，构建的蛋白结构直接从3D图分析就发现一部分NBD区与原模板的重叠性不是很好，而直接以B链为同源模板时，构建的蛋白结构相对来说，与原模板的重叠性相对较好，没有出现构象的太大变化。最后我将A链和B链做的sequence alignment分析，两条链的氨基酸序列很相似，就仅B链相对缺失了5个氨基酸。外国的paper都是以A链建模的多，国内有文章直接使用在线服务器则直接采用B链，问题：有没有高手知道出现这种情况的原因？是不是进行校对后要对序列进行二级结构修改才能同源建模？还是说这种情况要进行动力学优化才能评价模型的准确性。 小弟新手，求高手不惜赐教。 |
回复此楼» 猜你喜欢
有多少人是今天查系统知道结果的？
已经有17人回复
-
看板上这么多中的，有点像50人群里49个人都是骗子的那种感觉……
已经有5人回复
-
导师吐槽：我怎么摊上了这么个极品研究生！
已经有4人回复
-
基金不中，共勉
已经有7人回复
-
为什么 国际(地区)合作与交流项目 没有放榜？
已经有11人回复
-
让我中一个面上吧！
已经有17人回复
-
国自然面上复盘~欢迎讨论
已经有8人回复
-
售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急
已经有4人回复
-
售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O.54,科目齐全,可+急
已经有4人回复
-
我不理解！
已经有23人回复
找到一些相关的精华帖子，希望有用哦~
大家在做蛋白同源模拟的时候，如何把不同结构域的分别建模连接到一起？
已经有30人回复
- 蛋白质三级结构3D图制作问题
已经有13人回复
- 求助！蛋白质同源建模，模板不是同工酶，而且相似性低于30%，下一步怎么办？
已经有12人回复
- 蛋白质三级结构结构模建
已经有3人回复
- 求助，已有PDB结构的DS同源建模步骤，谢谢
已经有11人回复
- 同源建模，希望建的蛋白质结构，N端和C端分别使用不同的蛋白模版，请教
已经有11人回复
- 请教大家，跨膜蛋白的同源建模，遇到了困难
已经有3人回复
- 关于同源建模预测蛋白三维结构
已经有4人回复
点击这里搜索更多相关资源科研从小木虫开始，人人为我，我为人人
