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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » MS » 晶体中加分子问题~~
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故事是这样的

新虫 (小有名气)

[求助] 晶体中加分子问题~~

我用的是MS，想再AFI等晶体中加分子（He/Ne/H2等），然后进行分子动力学的模拟。以前用的都是先多点吸附分子（He/Ne/H2等）到AFI中，最近我发现如果用copy方法粘贴到AFI中和'add atom'方法之后进行分子动力学模拟，他们的过程文件显示“Tot. energy (kcal/mol)   Pot. energy (kcal/mol)    Kin. energy (kcal/mol)     Tot. enthalpy (kcal/mol)”以及计算时间与吸附法加分子都不相同，为什么呢？这三种方法加分子到晶体中有啥区别吗？各使用适用什么情况？求指导~~~
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1楼 2014-06-02 16:51:07
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
引用回帖:
3楼: Originally posted by 故事是这样的 at 2014-06-02 19:41:39
恩 谢谢  我用的基本也是这种方法加原子的。但现在我想知道的是，“add atom”法和复制黏贴法适用什么情况呢？为什么“add atom”法和复制黏贴法之后动力学的“Tot. energy (kcal/mol)   Pot. energy (kcal/mol)   ...

为什么会一样？至少，分子间势能与分子间距有关，放的位置不同，能量当然不同。

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
4楼2014-06-02 20:54:46
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pigrass

专家顾问 (著名写手)

伊卡斯特的小猪
★
月只蓝: 金币+1, 鼓励交流！ 2014-06-16 19:23:11
要不试试这个办法http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
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#有问题发论坛，不接受私聊#爱晶体，爱MaterialsStudio#MS专辑点击右边#http://emuch.net/taotie/41673.html#物性数据#http://webbook.nist.gov/chemistry/#
2楼2014-06-02 19:08:57
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故事是这样的

新虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by pigrass at 2014-06-02 19:08:57
要不试试这个办法http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=7330890

恩 谢谢  我用的基本也是这种方法加原子的。但现在我想知道的是，“add atom”法和复制黏贴法适用什么情况呢？为什么“add atom”法和复制黏贴法之后动力学的“Tot. energy (kcal/mol)   Pot. energy (kcal/mol)    Kin. energy (kcal/mol)     Tot. enthalpy (kcal/mol)”以及计算时间与吸附法相差很大呢？？
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3楼2014-06-02 19:41:39
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